Construída nunha rexión de poboamento antigo, con restos de varias aldeas medievais, algunhas delas absorbidas na cidade, que acolleran mosteiros cristiáns na Antigüidade e na Alta Idade Media, a cidade actual foi edificada polos rusos a partir do século XIX. A súa construción débese á decisión de colonizar a conca do Issyk Kul, tomada polo tsar Alexandre II,[1] despois das expedicións de recoñecemento dirixidas polo militar e explorador ruso Nikolai Mikháilovich Przewalski quen, mentres preparaba unha expedición para chegar ao Tíbet, morreu o 20 de outubro (1 de novembro, segundo o calendario gregoriano) de 1888 en Karakol. A cidade foi poboada orixinalmente por campesinos rusos.

Durante a Gran Guerra Patriótica (1941-1945), a cidade de Karakol recibiu un afluencia de refuxiados e evacuados chegados do oeste da URSS.

Como quedou dito, en 1991, un barrio de Karakol foi rebautizado como Pristan-Przewalsk.

Karakol é hoxe un mercado de alimentos e gando, e a sede da administración rexional, e conta cunha pequena universidade. A cidad vive en parte da súa proximidade á mina de ouro Koumtor, que emprega a moitos traballadores da localidade.