Il existe plusieurs versions de l'origine de cette fête.

Selon la version la plus courante, en 1945, alors que les jeunes de l'époque se regroupaient sur la place du village de Buñol, où l'on fête actuellement la Tomatina, pour assister au défilé des autorités du village, de la bande musicale et des « Géants », un groupe de ces jeunes aurait provoqué une bousculade, qui aurait dégénéré en bagarre générale lors de laquelle certains se jetèrent les tomates d'un petit commerce de légumes situé à proximité. Un an après, le même mercredi du mois d'août, les jeunes se seraient retrouvés sur la place, munis cette fois de leurs propres tomates[1].

Les autorités du village se seraient alors opposées à cette célébration, mais la tradition s'est instaurée et a perduré sous le nom de «Tomatina». En 1959, le conseil municipal de Buñol a finalement décidé d'autoriser la gigantesque bataille de tomates en instaurant un horaire précis de début et de fin, déterminé par l'explosion d'un feu d'artifice ; il fournit également les tomates depuis 1980[1].

En 2015, entre 150 et 170 tonnes de tomates, selon les sources, ont été déversées dans les rues de la ville[2],[3]. Les tomates sont produites à Xilxes, La Llosa, Moncofa et Almenara[4], et sont stockées dans une chambre pendant 2 jours avant la fête de manière à atteindre un niveau de maturité suffisant pour ne pas être trop dures et contondantes[5].

Après deux années d'absence durant la pandémie de Covid-19, l'édition 2022 de la Tomatina s'est tenue le mercredi 31 août. Pour l'occasion, 130 tonnes de tomates ont été mises à disposition pour 15 000 personnes[6].