Ruines du temple Bulguksa en 1914, avant les travaux

Des documents au temple indiquent qu'un petit temple fut construit au même lieu en 528, lors du règne du roi Beopheung de Silla. Le Samguk Yusa note qu'on commence la construction du temple actuel en 751 (ordonné par Kim Daesong pour pacifier les esprits de ses parents), sous le règne du roi Gyeongdeok. La construction se termine en 774, après la mort de Kim, et on lui donne le nom de Bulguksa (« Temple des terres du Bouddha »).

Le temple est rénové sous les dynasties Koryŏ et Chosŏn. Pendant la guerre Imjin (1592-1598) les japonais incendient le complexe, détruisant les édifices faits en bois. On commence sa reconstruction et expansion après 1604, suivi d'environ 40 rénovations jusqu'en 1805. Pendant l'occupation japonaise (1910-1945), les Japonais essaient une restauration du temple, mais il ne reste aucune trace de celle-ci ; accessoirement, des trésors disparaissent du temple.

On procède à une restauration partielle en 1966. Après une enquête archéologique, on fait de grands projets de restauration entre 1969 et 1973, ordonnés par le président Park Chung Hee, amenant Bulguksa à l'état dans lequel on le voit aujourd'hui. Des édifices de l'époque de Silla il ne reste que les structures en pierre.