Le site de Yonaguni de 28 km2 daterait de la dernière glaciation, lorsque le niveau de la mer était beaucoup plus bas qu’aujourd’hui. Le bas niveau de l’océan est démontré par un pilier de roche dans une grotte submergée interprété comme un condensé de stalactites, qui ne pouvaient se former qu’en dehors de l'eau et, en 2007, des datations au carbone 14 et au béryllium 10 ont montré que les coraux étaient immergés il y a 5 000 ans, tandis que le socle de grès était à l'air libre il y a un peu plus de 2 000 ans[1]. Les paléo-géographes doutent cependant des interprétations du professeur Masaaki Kimura de l’université des Ryūkyū, qui affirme qu’au cours de cette période glaciaire, la mer du Japon était une mer fermée et la mer Jaune n’existait pas encore, permettant aux hommes et aux animaux de rejoindre les îles Ryūkyū à pied. Yonaguni aurait alors été l'extrémité sud d’un pont de terre reliant le Japon et le reste de l’Asie[2]. Le professeur Masaaki Kimura a estimé initialement que le site datait d’au moins 10 000 ans, époque où il aurait été hors de l'eau avant d’être immergé par une montée des eaux de plusieurs dizaines de mètres[3],[4], puis, dans un rapport remis au 21e Congrès des sciences du Pacifique en 2007, il révisa son estimation et affirma que le site remonterait à environ 2 000 ans[5].

En 1985, Kihachiro Aratake, un organisateur de plongées touristiques, en repérage pour un voyagiste en plongée sous-marine, entend parler d'un haut-fond poissonneux connu des pêcheurs locaux dont les légendes évoquent aussi un palais englouti. Kihachiro Aratake découvre alors les plates-formes de grès, qu'il interprète comme une structure mégalithique[6][réf. nécessaire].