Selon Edresi, géographe arabe du XIIe siècle, Alexandre le Grand, incité par Aristote, y aurait installé une colonie ionienne après avoir conquis l'Égypte[1].

Dans Le Périple de la mer Érythrée datant du Ier siècle, l'île est nommée Dioscoride (Dioscoridis Insula, signifiant en koinè île des Dioscures). Elle est décrite comme grande, semi-déserte et marécageuse, et possédant quelques rivières. La faune est composée de serpents, de grands lézards et de tortues. Ses habitants, (chrétiens nestoriens d'après le texte apocryphe des Actes de Thomas du IIIème siècle), sont un mélange d'Arabes, de Grecs et d'Indiens, pêcheurs et marins. Ils sont peu nombreux et vivent sur la côte septentrionale. Des ermites vivent dans les haghiers (creux dans le grès) du sud de l'île[2].

Vers 520, l'île est un comptoir égypto-byzantin[3] qui commerce avec les chrétiens du Kerala, en Inde, en contournant l'empire Perse, ennemi des Byzantins[4].

En 1505, alors en expansion dans l'océan Indien et la mer Rouge, le Portugal y fonde un comptoir commercial[5]. L'île sert de base aux Portugais pour défier les Mamelouks d’Égypte et rançonner les boutres marchands arabes[6]. Par la suite, le comptoir est disputé par les Hollandais. Après avoir été pendant quelque temps un repaire de pirates, l'île passe en 1886 sous domination anglaise et intégrée jusqu'en 1967 au protectorat du Somaliland. Sa population est intégralement islamisée à partir de ce moment.

De 1967 à 1990, l'archipel de Socotra est revendiqué à la fois par la Somalie et le Yémen du Sud communiste, et l'île accueille une petite base militaire qui sert d'escale à la marine soviétique[7]. Les conditions maritimes et météorologiques (embruns et vents de sable) dégradent les équipements électroniques rapidement[8] et l'escale soviétique se limite, à la fin de la Guerre froide, au port et à une station-relais de communications ; ce que les satellites espions américains avaient pris pour une importante base s'est révélé être surtout des ferrailles et d'anciennes installations vétustes ou abandonnées[9],[10].

À partir de 1987, pendant la longue guerre civile somalienne, les gouvernements du Yémen ont officiellement proclamé Socotra comme territoire yéménite, mais à partir de 2015, c'est au Yémen que sévit la guerre civile et ce sont les Émirats arabes unis qui commencent à administrer, voire à coloniser Socotra, construisant de nouvelles infrastructures et des réseaux de télécommunication, faisant leurs propres recensements de la population locale, offrant aux habitants des contrats de travail, puis, en 2018, occupant militairement l'île malgré les protestations du gouvernement yéménite[11]. Le 13 mai 2018, des troupes saoudiennes débarquent à leur tour à la demande du gouvernement yéménite[12] et les occupants se retirent au profit de l'armée yéménite le lendemain, 14 mai[13].

En mai 2019, le gouvernement yéménite accuse les Émirats arabes unis de fournir une aide logistique aux séparatistes du Conseil de transition du Sud à Socotra, ce que nient les Émirats[14]. En février 2020, un régiment de l'armée yéménite stationné à Socotra se rebelle contre le gouvernement d'Abdrabbo Mansour Hadi reconnu par l'ONU, et prête allégeance au Conseil de transition du Sud (CTS)[15]. Le 20 juin 2020, le CTS annonce avoir pris le contrôle de Socotra[16].