Avant l'arrivée des Espagnols, Chamula était un important centre de population tzotzil. La commune a été conquise et anéantie par le capitaine Luis Marín en 1524. Le 7 juillet 1837 le département du Chiapas est divisé en cinq districts, Chamula étant rattaché à celui de San Cristobal de las casas[1]. En 1869, le soulèvement indigène connu sous le nom de guerre des castes fut dirigé par un escroc notoire le Chamula Pedro Díaz Cuscat.

Un décret postérieur à la rébellion, signé par le gouverneur José Pantaleón Domínguez (es), condamne les révoltés survivants au travail forcé.

En 1912, une nouvelle rébellion éclate, menée par Jacinto Pérez Pajarito.

Le 4 juillet 1925, par décret du général Carlos A. Vidal, Chamula devint ville.