Užupis est l'une des plus anciennes banlieues de Vilnius.

Au XIVe siècle, les futures rues Malūnų et Užupio existaient déjà.

Au XVIe siècle, la partie nord du quartier appartenait à la Fraternités de l'Esprit, des prêtres orthodoxes. Dans la partie sud se trouvait l'église de l'Apôtre Bartholomew, qui appartenait aux Augustins. La première église, construite en bois, date de 1644 et fut détruite lors d'un incendie dû à la foudre. Reconstruite, toujours en bois, elle est remplacée, en 1788, par une église en briques par l'architecte Martin Knakfus. Elle-même est détruite en 1794, pendant l'insurrection de Kościuszko. Une nouvelle fois, l'église est reconstruite, en 1824, et son beffroi date de 1881.

Le monastère des Bernardins, l'un des bâtiments les plus anciens d'Uzupis date de 1495.

Le quartier héberge aussi le cimetière des Bernardins, un des plus anciens de la ville[1]. Les premiers ponts entre le quartier et Vilnius datent du XVIe siècle et, à l'époque, en dehors des religieux dans leurs monastères, la plupart des habitants sont des Juifs.

La majorité de la population juive du quartier a été tuée durant l'Holocauste, puis c'est le vieux cimetière juif (en) qui est rasé par les Soviétiques dans les années 1960. Les maisons encore debout sont alors occupées par des marginaux, sans domiciles, prostituées et, peu à peu, par des artistes.

Jusqu'à la déclaration d'indépendance de la Lituanie, en 1990, ce n'est qu'un quartier en ruines et à l'abandon. Encore aujourd'hui, beaucoup de jeunes artistes squattent des immeubles abandonnés sur les berges de la Vilnia.