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Né d'un petit fort bâti sur l'Alster par Charlemagne (vers 810), Hambourg devient un siège épiscopal, puis archiépiscopal. Dévastée par les Normands et les Obodrites, la ville devient cependant un centre commercial important. En 1188, Adolphe III, comte de Holstein, fit bâtir une ville portuaire neuve qui obtint de Frédéric Barberousse une charte et des privilèges de navigation (1189). Il semblerait que la charte de Barberousse soit fausse, mais Hambourg a bien été déclarée port franc au XIIIe siècle et ce statut fut confirmé en 1881 après l'union douanière (Zollverein). En 1216, les deux villes fusionnèrent. Hambourg participa à la Hanse pour s'imposer grâce à elle sur les marchés étrangers et supplanta Lübeck au XVIe siècle. Elle possédait dès les XVIe – XVIIe siècles, un Code de commerce, une Bourse et une banque, et elle établit une ligne de navigation directe avec l'Amérique. Elle ne cessa de se développer jusqu'à la Révolution et fut gravement atteinte par les guerres napoléoniennes.

Dès le Moyen Âge, le rôle du port de Hambourg a été essentiel dans l'histoire et la croissance de la ville comme métropole régionale du nord de l'Allemagne. Hambourg a été ainsi avec Lübeck, une pionnière de la création de la Ligue hanséatique (la Hanse), à l'origine du développement du commerce dans le Nord de l'Europe dès 1241.

Éclipsé pendant un temps par les ports du Benelux, Hambourg reconquiert de nos jours une place de choix dans le complexe portuaire nord européen. La réouverture des économies d'Europe de l'Est et la croissance des échanges chinois ont relancé Hambourg plus que tout autre port européen.

Désormais, troisième port continental, Hambourg affronte avec ambition l'avenir alors même que les limites se profilent (tirant d'eau de l'Elbe, concurrence de Wilhelmshaven, bataille intermodale).

Au-delà de la place portuaire, Hambourg représente aussi l'un des lieux majeurs du shipping (trafic maritime) international avec ses armements et ses institutions financières. Ainsi, la vieille cité hanséatique a réussi à préserver les deux piliers de son identité et de son économie, un port de rayonnement continental et une place d'affaire d'envergure mondiale.

Au fil des siècles, le port s'est déplacé par rapport à la ville : au XIIIe siècle, il se trouvait au centre de la ville, alors qu'aujourd'hui, il est en aval de celle-ci. Des terre-pleins ont été construits afin de développer le port. L'ancien port (Speicherstadt) était constitué de greniers pour toutes sortes de marchandises, puis il s'est transformé en un simple grenier pour les petites marchandises comme les ordinateurs et les tapis.