Pendant près de 11 000 ans, les Amérindiens utilisent la région comme terrain de chasse. Les traces archéologiques, ainsi que les traditions orales, indiquent que des tribus d'Arikaras vivent dans les vallées où coulent des eaux vives et où il y a du gibier à proximité tout au long de l'année. On retrouve des pierres et traces de charbon montrant l'emplacement de campements, ainsi que des pointes de flèche et des outils utilisés pour découper le gibier. Il y a 150 ans, sont arrivés les Sioux, notamment les Oglalas, qui chassent ces populations vers le nord. Vers la fin du XIXe siècle, des colons européens s'installent dans le Dakota du Sud, et le gouvernement fédéral des États-Unis force les Amérindiens à vivre dans des réserves. En 1890, des nombreux Amérindiens, dont les Oglalas, suivent le prophète Wovoka dont les visions demandent aux peuples amérindiens de danser la Ghost Dance (danse des esprits) en portant des Ghost Shirts (chemises des esprits), prétendument invulnérables aux balles, afin de « faire disparaître l'homme blanc » et récupérer leurs terrains de chasse. L'une des dernières Ghost Dance a lieu dans la South Unit du parc national des Badlands. Peu après, prend place un affrontement entre les Amérindiens, menés par le chef Sioux Big Foot, et les militaires américains, qui conduit au massacre de Wounded Knee, dernier affrontement important jusqu'aux mouvements de libération des Amérindiens dans les années 1970, dont l'occupation de Wounded Knee par l'American Indian Movement, en 1973 (Dakota du Sud)[1].

Bien que le Homestead Act date de 1862, ce n'est qu'au XXe siècle que des fermiers provenant de la côte Est des États-Unis ou d'Europe commencent à mettre cette région difficile en valeur. Le Homestead Act attribue environ 65 ha ; or il s'avère que cette superficie est insuffisante pour des terres aussi difficiles en climat semi-aride. Cependant, certains parviennent à subsister, vivant (à cause du manque de bois) dans des cabanes construites avec des blocs de pelouse et se chauffant avec de la bouse de bison séchée. Cependant, dans les années 1930, le Dust Bowl, ainsi que des vagues de nuées de sauterelles provoquent l'abandon de nombreuses exploitations agricoles. Il existe cependant toujours actuellement quelques exploitations possédant un élevage de bétail et produisant des graminées, notamment du blé d'hiver[1].

Reconnu monument national en 1939, le parc a acquis le statut de parc national en 1978.