Le peuplement humain des hautes vallées des Pyrénées s'est produit au fur et à mesure du recul des traces de la dernière glaciation. Dans les limites du parc, il n'y eut jamais de peuplement stable. Mais, durant le XIXe siècle et au début du XXe siècle, la pression de l'homme atteint son paroxysme, en raison de l'exploitation forestière constante et du début de l'hydro-électricité.

En 1932, le plan Macià envisagea la création du parc national des hautes Pyrénées, mais ce fut un décret du ministère de l'Agriculture, paru le 21 octobre 1955, qui établit le parc national en accord avec la loi sur les parcs nationaux de 1916, avec une emprise initiale de 9 851 ha. Il était le cinquième parc national d'Espagne et le second des Pyrénées après celui d'Ordesa.

L'approbation du statut d'autonomie de la Catalogne, en 1979, donna à celle-ci les compétences en matière de gestion et de réglementation des parcs naturels. Le 30 mars 1988, une requalification et une extension du parc furent proposées, réglementant les exploitations traditionnelles pour mieux protéger le parc.

La loi 22/90 du 28 décembre 1990 modifia partiellement les limites de la zone périphérique, la composition de l'organe de gestion du parc et les activités d'exploitation autorisées.

Le 5 juillet 1996, la surface de la zone centrale du parc fut à nouveau étendue et portée aux 14 119 ha actuels.

Le 19 février 2007, le parc est classé site Ramsar sur 39 979 ha[1].

Le parc national d'Aigüestortes est classé en zone Natura 2000 sur une superficie de 56 120,73 hectares, elle comprend[2]:

La zone spéciale de conservation (en référence à la Directive Habitats) depuis 2013. La zone de protection spéciale (en référence à la Directive Oiseaux) depuis 1988.