Sofi Sinan Pacha[1] a entrepris la construction de la mosquée en 1600 ou en 1608[2]. Ce personnage, qui a été beylerbey et caïmacan en Bosnie, ne doit pas être confondu avec le grand vizir Koca Sinan Pacha, qui a fait construire la mosquée de Sinan Pacha dans la ville de Kaçanik/Kačanik[1].

Selon une idée répandue, les pierres ayant servi à la construction de la mosquée proviendraient du Monastère des Saints-Archanges, situé à proximité[3],[1]. Le monastère des Saints-Archanges a été fondé par l'empereur serbe Stefan Dušan et construit entre 1343 et 1352. De fait, des pierres de ce monastère se retrouvent dans la mosquée[2] mais les lieux avaient été désertés avant même l'arrivée des Ottomans et, au début du XVIIe siècle, le site était en ruine. L'historien albanais Hasan Kaleshi montra en 1972 que Sofi Sinan Pacha n'avait pas pu ordonné la destruction du monastère, ce qui aurait requis un décret émanant du Sultan, mais qu'il avait plutôt utilisé les pierres du monastère déjà ruiné[1].

La mosquée a autrefois abrité une médersa et un portique, détruits en 1939[2]. Le portique a été reconstruit.