Au cours des bombardements alliés de la ville de Gabès alors aux mains des Allemands plusieurs familles gabésiennes fuient leur ville pour se réfugier dans les maisons troglodytiques de Matmata.

Matmata a aussi été le fief des militants nationalistes tunisiens (fellagas) qui prennent les armes contre le protectorat français sous la conduite de Mohamed Daghbaji, plusieurs de ses compagnons étant originaires de la ville de Matmata.

Juste après l'indépendance de la Tunisie proclamée en 1956, le gouvernement tunisien tente de déplacer les populations des montagnes vers de nouvelles villes installées sur le plateau de l'Aradh (Nouvelle Matmata et Nouvelle Zraoua) mais la majorité de la population préfère garder son logis à proximité de leurs jardins perchés dans les montagnes.