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Manly fut découverte et baptisé par le capitaine Arthur Phillip au même moment que la ville de Sydney, entre le 21 et 23 janvier 1788. Le capitaine Arthur Phillip était impressionné par la confiance et l’attitude des aborigènes des tribus "Cannalgal" et "Kayimai" qui naviguaient à côté de son navire lorsqu’il explorait Port Jackson (Port de Sydney) en janvier 1788. Il attribua le nom de Manly Cove (Crique de Manly) à l’endroit où ils se rencontrèrent. Le lieu exact de cette rencontre reste toutefois inconnu.

Manly resta isolée de nombreuses années. Il fallait suivre une route de plus de 70 miles pour aller à Manly depuis Sydney en passant par Parramatta, Hunters Hill, Lanne Cove et Narrabeen (en). L’autre route obligeait à traverser la baie en bateau au niveau de Nord Sydney.

Seuls quelques villageois furent capables d’habiter à Manly grâce à la pêche et à l’agriculture avant que Henry Gilbert Smith, le fondateur du village arrive en 1853. En juin 1855, Henry Gilbert Smith écrit à son frère : « L’amusement qui provient des améliorations réalisées à Manly est sans aucun doute la cause de ma grande joie. En fait, je n’ai jamais connu un seul jour moribond ici. Je devrais être ici avec vous si je n’avais pas ce loisir, en pensant que je fais quelque chose de bien en créant un village ou une station balnéaire pour les habitants de Sydney » Il acheta de vastes bandes de terre pour sa vision de Manly, avec sa plage splendide donnant sur l’océan et ses criques sablonneuses abritées, qui devait devenir « la station balnéaire préférée des colons ». Il créa un service de ferry, construisit des hôtels et fit don de terrains pour bâtir des écoles et églises. Il disposait d’un plan ambitieux pour Manly mais le changea en un design plus pragmatique constitué de plus petites parcelles. Manly Council (La Mairie de Manly) devint une entité gouvernementale indépendante le 6 janvier 1877. Le développement de Manly fut lent mais, à partir de 1877, la ville commença à devenir une station balnéaire prospère.