Une équipe internationale[1] a identifié (publication en septembre 2013) le volcan sur cette île comme responsable d'une des plus énormes explosions volcaniques des 7 000 dernières années en 1257 apr. J.-C. Il s'agit du volcan Samalas, dont l'éruption est évoquée dans la Babad Lombok ("chronique de Lombok")[2],[3].

Le Nagarakertagama, poème épique écrit en 1365 sous le règne (1350-1389) du roi Hayam Wuruk de Majapahit dans l'est de Java, cite Lombok parmi les « contrées tributaires » de ce royaume. Selon des légendes locales, deux des plus vieux villages de Lombok, Bayan et Sembalun, auraient été fondés par un prince de Majapahit. Les références à une origine Majapahit sont courantes à Lombok et dans l'île voisine de Bali. On trouve des éléments javanais dans la langue sasak de Lombok.

L'islam ne semble pas apparaître à Lombok avant la première moitié du XVIe siècle. La tradition dit qu'un certain Sunan Prapen, fils du Susuhunan Ratu de Giri, est le premier à propager la nouvelle foi. Un manuscrit sur feuille de palmier lontar, la Babad Lombok ("chronique de Lombok"), raconte que Sunan Prapen est envoyé par son père pour une expédition militaire à Lombok et Sumbawa pour y convertir la population. Un autre manuscrit sur lontar, le Petung Bayan, raconte que le premier roi à se convertir est le roi de Bayan. On ne peut toutefois considérer ces deux manuscrits comme des sources historiques fiables. Il semble en tout cas que dès le début, la nouvelle religion acquiert un caractère syncrétique, mêlant les éléments animistes, hindou-bouddhiques et islamiques.

Dans les années 1630, le Dewa Agung (roi) de Gelgel de Bali mène des campagnes de conquête à Lombok et Sumbawa, où il se heurte à l'expansion du sultanat de Gowa du sud de Sulawesi. À la fin du XVIIe siècle, des soldats Bugis et Makassar, fuyant l'autoritarisme de leur souverain, écument les mers de l'archipel et sévissent notamment à Lombok.

Les Hollandais débarquent à Lombok en 1674. Ils s'installent dans la partie orientale de l'île, les rois balinais de Karangasem revendiquant la souveraineté sur la partie occidentale.

En 1740, Lombok est fermement sous le contrôle de Karangasem. Au début du XIXe siècle, le rapport s'est inversé et c'est le roi balinais de Lombok qui est souverain de Karangasem. Lombok soutient la campagne hollandaise contre Karangasem.

Mais les Hollandais voulaient contrôler Lombok. En 1891, le roi balinais de Lombok lève des troupes parmi ses sujets Sasak musulmans pour mener campagne à Bali. L'événement déclenche un soulèvement, dirigé par un maître religieux. Les Hollandais en font un prétexte d'intervention, et débarquent à Lombok en 1894. Une première expédition est mise en déroute par les troupes balinaises. Mais les Hollandais finissent par conquérir la capitale. La prise d'assaut du dernier bastion des Balinais poussent ceux-ci à commettre le puputan, une bataille jusqu'à la mort. La guerre de Lombok était terminée. Les Hollandais ont occupé l'île de 1894 à 1942.

À l'époque coloniale Lombok était, avec Ambon, Gorontalo et Minahasa, une des quatre régions de l'est des Indes néerlandaises à être sous administration directe[4].

En 2018 plusieurs séismes frappent l'île.