Les mines de sel de la montagne voisine furent exploitées dès le Néolithique. Si cette activité débuta à l'échelon local vers 3000 av. J.-C., elle prit durant le premier millénaire une dimension « européenne », puisque l'on a établi la preuve que le sel (en allemand : Salz) était alors transporté par de véritables voies commerciales vers la mer Baltique et la mer Méditerranée.

Hallstatt est connu pour abriter le site de l'âge du fer, issu de la civilisation à laquelle on a donné son nom, la culture de Hallstatt. Fouillé par l'ingénieur des mines Johann Georg Ramsauer à partir de 1846, il a livré près de mille tombes, datant du VIIe siècle av. J.-C. La culture se termine avec l'invasion des Romains en 15 av. J.-C.. Les territoires des Celtes deviennent partie intégrante de la province de Norique ; un site romain a existé à Hallstatt vers l'an 100 ; il a été détruit lors des incursions des Marcomans et des Quades quelques décennies plus tard.

 La tour de Rodolphe au-dessus de Hallstatt.

Il n'y a pas de traces écrites montrant une habitation continue de l'antiquité au haut Moyen Âge. Le Salzkammergut intérieur, initialement situé dans l'est du duché de Bavière, faisait longtemps partie du margraviat d'Autriche sous la suprématie de la maison de Babenberg et du domaine direct (Kammergut) des ducs d'Autriche issus de la maison de Habsbourg. Vers 1284, le duc Albert Ier, fils du roi Rodolphe Ier de Habsbourg, fit construire une tour fortifiée au-dessus du lac pour protéger la région des assauts des princes-archevêques de Salzbourg. En 1311, le lieu de Hallstatt obtint le droit de tenir marché des mains d'Élisabeth de Goritz, veuve d'Albert Ier.

 
Vue panoramique du village de Hallstatt bordant le Hallstättersee. Coordonnées 47° 33′ 34″ nord, 13° 38′ 47″ est Pays   Autriche Subdivision Haute-Autriche, Salzbourg, Styrie Type Culturel Critères (iii), (iv) Superficie 28 446 ha Zone tampon 20 014 ha Numéro
d’identification 806 Région Europe et Amérique du Nord ** Année d’inscription 1997 (21e session) * Descriptif officiel UNESCO
** Classification UNESCO modifier  

Dès 1997, le village est inscrit au patrimoine mondial de l'Unesco pour ses maisons couleur pastel et son paysage culturel de Hallstatt-Dachstein / Salzkammergut[1].

En juin 2012, Minmetals Land, filiale immobilière de la compagnie minière chinoise China Minmetals Corporation, a construit une réplique à l'échelle de toute la ville à Huizhou (des appartements situés dans les maisons du village étaient proposés à la vente) dans la province du Guangdong qui est sous un climat subtropical[2]. Bien que la cérémonie d'inauguration le 2 juin se soit déroulée en présence du maire Alexander Scheutz et d'une délégation venue de Hallstatt, des habitants de ce village autrichien se sont indignés d'avoir été mis devant le fait accompli sans concertation préalable[3]. Les touristes originaires d'Asie y sont très nombreux depuis cette date, le nombre total de touristes atteignant 1 million pour l'année 2018[4].

Le village a mis en 2023 des barrières pour empêcher les touristes de prendre des selfies, tout en limitant le nombre de véhicules entrant sur son territoire[5].