En 1810, un important gisement de houille est découvert sur l'île alors inhabitée. Celle-ci est achetée en 1890 par le conglomérat japonais Mitsubishi qui exploite cette ressource et installe ainsi sur Ha-shima la main-d'œuvre nécessaire.

Le site fut le théâtre de crimes de guerre durant la Seconde Guerre mondiale : alors que la Corée est sous occupation japonaise, 800 travailleurs forcés coréens sont envoyés sur l'île. Plus de 120 y sont morts et ceux tentant de s'échapper étaient soumis à des tortures extrêmes selon le rapport d'une commission d’enquête gouvernementale, publié en 2012[1]. Le Japon n'a jamais présenté d'excuses officielles ni dédommagé les victimes[2].

Après la guerre, la population augmente rapidement au point qu'en 1950, elle atteint 5 300 habitants pour 6,3 hectares de superficie, soit une densité de 83 500 hab/km2. Ces chiffres augmentent encore pour culminer à 84 100 hab/km2 pour l'ensemble de l'île et 139 100 hab/km2 pour le quartier des habitations en 1959. C'est alors une des plus fortes densités de population enregistrées au monde[3],[4].

Ha-shima connaît ensuite un déclin rapide avec le remplacement de la houille par le pétrole comme principale source d'énergie dans l'économie japonaise. L'activité des puits diminue au point que les derniers habitants sont évacués en 1974[5]. Les conditions climatiques, notamment le passage des typhons, accélèrent le délabrement des bâtiments et des installations minières abandonnés[6].

 

 

 

L'île est jugée dangereuse et interdite d'accès jusqu'en 2009. Depuis, un bateau assure la liaison vers Ha-shima et la municipalité de Nagasaki a réalisé des travaux pour un montant de 100 millions de yens afin d'accueillir des touristes[7]. En 2011, 235 000 personnes ont suivi la visite guidée de l'île qui est limitée à un parcours aménagé[8].

Outre des touristes, d'anciens habitants ont pu y retourner pour la première fois depuis leur départ.

En 2009, le Japon demande l'inscription de l'île au patrimoine de l'humanité, liste de biens établie par le comité du patrimoine mondial de l'Unesco[5]. L'initiative est critiquée en Corée du Sud en raison de l'exploitation de travailleurs coréens sur le site industriel pendant la Seconde Guerre mondiale[9],[10],[11].

L'inscription de Ha-Shima ainsi que de 22 autres sites témoignant de la révolution industrielle japonaise a finalement lieu en 2015 sous la dénomination « Sites de la révolution industrielle Meiji au Japon : sidérurgie, construction navale et extraction houillère[12] ».

En juin 2013, la numérisation des lieux est effectuée par Google et rendue accessible le mois suivant sur Google Street View[13].