Le palais a été construit en 1394 par le roi Taejo, fondateur et premier roi de la dynastie Joseon. Le nom de Gyeongbokgung fut donné par Jeong Do-jeon, un influent ministre du gouvernement. Le palais de Gyeongbokgung a été continuellement étendu pendant le règne du roi Taejong ainsi que durant celui du roi Sejong le Grand. Malheureusement, la majorité du palais a été détruite par les flammes au cours des invasions japonaises de 1592–1598. Après que tous les palais de la capitale ont été démolis par les Japonais, Changdeokgung, un palais secondaire, a été reconstruit et a servi de palais principal. Gyeongbokgung a été laissé à l'abandon pendant 250 ans, puis il a finalement été reconstruit en 1868 par l'ordre du prince régent. 500 bâtiments ont été construits sur un terrain de plus de 40 hectares et constituent une petite ville. La deuxième fois que Gyeongbokgung a été détruit en grande partie fut pendant l'occupation japonaise (1910-45). 80 % des bâtiments restaurés ont été démantelés, la porte de Gwanghwamun a été enlevée, et le siège du gouvernement-général japonais a été construit en face du secteur principal du palais. Un effort pour rétablir pleinement le palais de Gyeongbokgung dans son ancienne gloire est en cours depuis 1990. Le bâtiment colonial du gouvernement a été démoli, et la porte de Heungnyemun a été restaurée dans son état d'origine. Les quartiers royaux et le Palais de l'Est pour le prince héritier ont également été restaurés dans leur état d'origine. À la fin de 2009, il a été estimé qu'environ 40 % des structures existant avant l'occupation japonaise de la Corée ont été restaurées ou reconstruites. Le projet de restauration par le gouvernement sud-coréen est prévu pour au moins 20 ans.

Le 8 octobre 1895, le palais est attaqué tôt le matin par de nombreux assaillants japonais menés par le général Miura Gorō, et aidés par des collaborateurs coréens, dans le but de tuer la reine Min qu'ils soupçonnent de vouloir rapprocher la Corée de la Russie pour contrebalancer l'influence japonaise. Les agresseurs sèment le chaos et finissent par trouver la reine qu'ils assassinent, puis emmènent son corps dans un bois voisin et le brûlent.

En 2015, le site comptait 510 extincteurs ainsi que 230 caméras de surveillance répartis dans les 432 703 mètres carrés du palais[1].