C'est au 14esiècle, que le souverain de la vallée de la Nubra Nyig-ma-grags-pa, aida le moine Gelugpa Changzem Tserab Zangpo afin que soit construit le monastère de Diskit. L'idole de Tsongkhapa étant déifiée, les rois de Rgyal firent appel à des moines pour réciter des hymnes de Mani-tung chur dans la vallée de Nubra et dans les régions environnantes. Au milieu du 18esiècle, Tshe-dbang-rnam-rgyal céda le contrôle du monastère de Diskit au Rinpoché du monastère de Thikse et cet arrangement est à ce jour toujours respecté. Diskit Gompa est donc considéré comme une annexe de Thikse.