Les colonnes se seraient créées à la suite d'une coulée de lave il y a plus de 100 000 ans si l'on en croit la technique de datation au potassium-argon. Cette coulée s’est produite à proximité du fleuve San Joaquin. Bloquée sur son trajet, la coulée a atteint une épaisseur d’environ 120 mètres. Cette grande épaisseur s'est traduite par un refroidissement très lent de la lave ce qui explique la longueur impressionnante des colonnes. Le refroidissement lent crée également des fissures de retrait thermique à la suite de la contraction du basalte qui se refroidit[1]. Ce phénomène de fissuration se retrouve également lorsque de l’argile se solidifie par séchage. On constate ainsi des formes hexagonales sur le sol argileux au niveau des flaques d’eau séchées.

Par la suite un glacier a ensuite poli par frottement la surface de la coulée ce qui explique la surface lisse des roches d'aujourd'hui. Cela donne l’impression au sommet des colonnes d’avoir une sorte de carrelage naturel.

Le site faisait à l'origine partie du parc national de Yosemite mais à la suite de la découverte d'or à proximité près de Mammoth Lakes, la limite du parc fut modifiée et le site ainsi que les terrains l’entourant furent sortis du parc. Une proposition visant à construire une centrale d'Énergie hydroélectrique envisagea de détruire la falaise pour que celle-ci obstrue le courant de la rivière proche. Des californiens influents dont John Muir parvinrent à dissuader le gouvernement d'avaliser ce projet. En 1911, le président William Howard Taft fit de la zone un Monument national américain pour la protéger.