Les premiers hommes dont on a retrouvé trace sur ces îles vivaient il y a 6 000 ans de la chasse (cerf, ours, renne, castor…) et de la pêche (poisson, phoque et baleine). Il y a 4 000 ans, le blé a commencé à être cultivé.

L'île de Vestvåg fut un haut lieu de la civilisation viking.

C'est au XIIe siècle que les îles Lofoten connurent un essor important avec le commerce de la morue séchée, qui se vendait dans toute l'Europe. À cette époque, les îles Lofoten dépendaient de Bergen, ville de la Hanse.

La pêche prit un très grand essor à partir de 1860, lorsque d'immenses bancs de harengs vinrent l'hiver dans les eaux chaudes du Gulf Stream. La pêche des îles Lofoten représentera jusqu'à 80 % des exportations de la Norvège. Les ports de pêche appartiennent alors à un propriétaire qui loue les rorbus, (cabanes de pêche sur pilotis) aux pêcheurs.

En 1941 pendant l'occupation allemande, les îles furent par deux fois la cible des commandos britanniques : en mars lors de l'opération Claymore et en décembre pour l'opération Anklet, diversion de l'opération Archery.