La colline rocheuse de Säben au-dessus de Chiusa était déjà habitée au IVe millénaire av. J.-C.. Dans l' Antiquité tardive et le haut Moyen Âge, les plateaux d'altitude furent le siège épiscopal du diocèse de Säben qui, selon la légende, a été fondé par saint Cassien d'Imola au IVe siècle. L'abbaye de la Sainte-Croix de Säben (monastero di Sabiona) y a été fondée à la fin du XVIIe siècle par des religieuses bénédictines de l'abbaye de Nonnberg à Salzbourg.

On trouve la première mention du lieu de Clausa sub Sabiona sita dans un acte du 7 juin 1027, fait par l'empereur Conrad II le Salique conférant les domaines aux princes-évêques de Brixen. Les évêques ont fait construire un hôpital vers l'an 1205 ; au milieu du XIIIe siècle, leur ministériels édifièrent le château de Branzoll (la torre del Capitano) au-dessus de la ville. Klausen obtint le droit de tenir marché et a reçu les privilèges urbains en 1308.

Depuis le XVe siècle, des activités minières se sont développées dans la vallée de l'Isarco, notamment par l'exploitation de mines de cuivre, plomb et argent prés de Villanders. En 1699, la reine consort Marie-Anne d'Espagne a fondé un couvent des Frères mineurs capucins à Klausen, la patrie de son confesseur Gabriel Pontifeser.