La première cathédrale, datant de 1954, fut érigée par les mineurs à même les parois de leur mine. Menacée d'effondrement, elle dut fermer ses portes en 1992.

C'est Roswell Garavito Pearl, architecte originaire de Bogota, qui se chargea de la conception artistique et architecturale de la nouvelle Cathédrale de sel ; après que son projet fut choisi parmi 44 propositions d'un concours organisé en 1990 par la Société colombienne des architectes. La direction technique fut confiée à l'ingénieur Jorge Enrique Castelblanco Reyes, lui aussi de Bogota.

À l'intérieur, on trouve une collection artistique, notamment de sculptures en sel et en marbre qui attire pèlerins et touristes[1].

La Cathédrale de sel de Zipaquirá est considérée comme un des plus remarquables succès architecturaux et artistiques de l'architecture colombienne. On lui attribue d'ailleurs le titre de joyau architectural de la modernité. L'importance de la cathédrale réside dans sa valeur en tant que patrimoine culturel, religieux et environnemental.

La cathédrale reçut le plus grand nombre de votes lors d'un concours pour élire les 7 Merveilles de Colombie en 2007, devenant alors la Merveille no 1 de Colombie, si bien qu'elle fut aussi proposée pour les Sept merveilles du monde moderne.

L'église souterraine fait partie du complexe culturel « Parque de la Sal » (Parc du sel), un espace culturel thématique consacré au monde de la mine, à la géologie et aux ressources naturelles.