Plan du complexe de l'Abbaye Saint-Michel-de-la-Cluse dans un dessin d'Alfredo d'Andrade (1899). Bâtiment principal de l'Abbaye : en bas à gauche, sur un affleurement de roche entre le monastère et l'église, la statue en bronze de saint Michel l'Archange créée en 2005 par le sculpteur du Tyrol du Sud Paul Moroder.

Dès l'époque romaine, il y a une garnison militaire sur ce belvédère pour surveiller la route reliant la plaine du Pô à la Gaule par le Val de Suse et le col de Montgenèvre, point de départ de la Via Domitia vers la vallée de la Durance. Une voie moins fréquentée permettait d'accéder à la vallée de la Maurienne par le col du Fréjus[1].

Vers 980, l'ermite Jean Vincent (Giovanni Vincenzo), disciple de Romuald de Ravenne, s'est installé au col de la Cella, sur le Monte Caprasio, en face du mont Pirchiriano. Une nuit, l'archange saint Michel lui apparaît et lui ordonne de reconstruire l'oratoire sur le mont Pirchiriano où il s'est installé et a été consacré par l'évêque de Turin, Amizon (989-998), fils d'Ardouin le Gable.

Hugues d'Auvergne[2], plus justement Hugues Maurice, seigneur de Montboissier[3], surnommé « le Décousu » s'est rendu à Rome avec son épouse Isengarde pour expier ses innombrables péchés. Le pape l'engage à construire un monastère. Il revient en France par la vallée de Suse où il s'arrête chez des amis qui lui parlent de l'oratoire de saint Michel sur le Pirchiriano. Il décide alors d'acheter le terrain à un Arduin, probablement Arduin, marquis d'Ivrée, pour rendre les moines indépendants du pouvoir temporel.

L'abbaye est probablement fondée vers 983-987 par Hugues de Montboissier le Décousu avec l'appui de la famille Ardouin près d'une ancienne chapelle construite par l'ermite Jean Vincent. Il obtient un privilège de l'évêque de Turin Amizon pour les futurs moines. Son fils, Maurice de Montboissier, revient en Piémont pour achever la fondation et intervenir auprès d'Otton III pour obtenir une confirmation et de Sylvestre II, entre 998 et 1002.

Guillaume de Volpiano se rend en pèlerinage à l'abbaye Saint-Michel de Cluse vers 987[4].

Grâce à l'initiative de Hugues de Montboissier et au recrutement systématique des abbés et des moines en Auvergne, se développe une hospitalité internationale, un ferment modérateur de politique régionale[5].

Une bulle du pape Innocent III de 1226 confirme la possession de droits dans les diocèses alpins de Genève jusqu'à Die, entre Poitiers et le Puy dans le Massif central, ainsi que dans les diocèses de Gascogne, des Pyrénées, d'Avignon, de Gérone jusqu'au Comminges[6].

L'abbaye de Saint-Michel-de-la-Cluse possédait par exemple déjà au XIe siècle, un prieuré à Albignac en Corrèze ou à Chamonix dans le comté de Genève[7].

Au XVIIe siècle, le prince Eugène de Savoie est nommé abbé commendataire de l'abbaye à l'âge de sept ans[8]. En 1622, le pape Grégoire XV supprime le monachisme dans l’abbaye. L'édifice est resté deux cents ans inoccupé.

En 1836, Charles-Albert de Sardaigne a confié la restauration de l'abbaye à Antonio Rosmini et y a transféré 27 dépouilles de la famille de Savoie. Le 23 août 1836, le pape Grégoire XVI a confié l'abbaye aux pères rosminiens.