Moskeijan kunnostettuja sisätiloja.

 

Kunnostettu minareetti.

Tuolloin Karabahin kaanikuntaan kuulunut Şuşa perustettiin 1700-luvulla ja kaupungista tuli Karabahin hallinnollinen keskus. Siitä tuli osa Venäjän keisarikuntaa vuonna 1805.[1] Gövhar Ağan moskeijan rakennustyöt oli aloitettu jo 1700-luvun puolella. Samaan aikaan rakennettiin niin sanottua ylempää (yuxarı) ja alempaa (aşağı) moskeijaa.[2] Ylempi moskeija valmistui vasta 1880-luvulla.[3] Moskeija sai nimensä ruhtinatarrunoilija Gövhar Ağan (1796-1868) mukaan.[2]

Şuşan aikanaan huomattava armenialainen väestö pakeni yhteenotoissa azerien kanssa vuonna 1920. Sittemmin Şuşasta tuli Vuoristo-Karabahin azeriväestön tärkeä keskus.[1] Itse moskeija muutettiin Neuvostoliiton kaudella museoksi. Rakennus kärsi vaurioita Vuoristo-Karabahin sodan aikana 1990-luvun alussa, jolloin Şuşasta tuli osa kansainvälisesti tunnustamatonta Vuoristo-Karabahin tasavaltaa. Kaupungin azerit pakenivat. Tasavallan viranomaiset kunnostivat moskeijan 2010-luvulla. Kunnostustyöt herättivät kritiikkiä niin armenialaisten, kuin azerienkin keskuudessa. Azerit syyttivät armenialaisia moskeijan persialaistamisesta.[3]

Azerbaidžanin joukot valtasivat Şuşan vuoden 2020 sodan aikana. 13. marraskuuta 2020 moskeijalla pidettiin ensimmäinen perjantairukous sitten 1990-luvun tapahtumien.[4]