Ruhnun kartta vuodelta 1798

Ruhnun saaren ensimmäiset asukkaat olivat todennäköisesti hylkeenpyytäjiä, jotka saapuivat alueelle neoliittisella kivikaudella. Saarelta löydettyjä nuotioiden jäänteitä on radiohiiliajoitettu vuoteen 5 300 eaa. Ruhnusta tunnetaan yhteensä kuusi kivikautista asuinpaikkaa. Vielä tuolloin saaresta on ollut merenpinna yläpuolella vain kooltaan 3-4 km² ja paikoin vain 50 metriä leveä hevosenkengän muotoinen saareke. Saarella ei todennäköisesti näin ollut vakituista asutusta, vaan siellä vierailtiin ajoittain.[1] Ensimmäiset asukkaat kuuluivat ilmeisesti varhaisneoliittiseen Narvan kulttuuriin. Saarelta on löytynyt myös yhteensä 1924 tuluskiveä ajalta 700 eaa.–100 jaa.[2]

Ei ole varmaa tietoa siitä milloin saaren vironruotsalainen asutus on syntynyt. 1350-luvulta peräisin olevassa Gutasaagassa mainitaan osan gotlantilaisista lähteneen Dagaithi nimiselle saarelle. Saaren on oletettu tarkoittaneen Hiidenmaata, mutta kyse voi olla myös Ruhnusta. Ensimmäisen kerran Ruhnu ja sen ruotsalainen asutus mainitaan historiallisessa lähteessä vuodelta 1341 olevassa kirjeessä, joka oli osoitettu Kuurinmaan piispalta saaren asukkaille. Siinä saarelaisille taattiin oikeus elää ruotsalaisten lakien mukaan. Vuonna 1558 saari yhdistettiin Kuurinmaan herttuakuntaan.[2]

Vuonna 1621 Ruhnu liitettiin Ruotsiin. Vuonna 1623 saari läänitettiin ruotsalaiselle vapaaherra ja amiraali Carl Carlsson Gyllenhielmille. Vuonna 1624 Ruhnussa asui 120 henkilöä ja siellä oli 18 taloa. Vuonna 1626 saari vuokrattiin saksalaiselle Isak Bohnille. Vuosina 1643–1644 rakennettiin Pyhän Magdalenan kirkko. Vuonna 1646 Ruhnulle rakennettiin Kustaa II Adolfin käskystä majakka. Suuren Pohjan sodan aikana venäläiset hyökkäsivät saarta vastaan ja valloittivat sen. Taistelussa kuoli ruotsalaisia johtanut luutnantti ja kaksi sotilasta. Vuonna 1750 saarella oli 190 asukasta ja vuonna 1842 asukkaita oli jo 389. Vuosina 1807–1902 kaikki Ruhnun seurakunnan pastorit olivat suomalaisia.[3] Vuonna 1900 paikalliseen pappilaan perustettiin 6-luokkainen koulu. Ensimmäisessä maailmansodassa Saksan keisarikunnan merijalkaväki miehitti saaren vuonna 1915. Virolaiset miehittivät saaren vuonna 1919. Latvia vaati turhaan saarta itselleen vedoten sen maantieteelisen sijaintiin.[2] Tilanne kärjistyi miltei maiden välisen yhteenoton partaalle. Viron ja Latvian useita paikkakuntia käsittäneen rajakiistan ratkaisi lopulta brittiläisen eversti Stephen Tallentsin johtama virolais-latvialainen komissio, jonka päätöksen perusteella heinäkuussa 1920 Ruhnu jäi Viron puolelle.[4]

 

Pyhän Magdalenan kirkko

Vuonna 1922 saarella asui 252 ruotsalaista, 10 virolaista, 2 saksalaista, sekä 7 tuntematonta kansallisuutta olevaa. Latvia tunnusti saaren kuuluvan Viroon vasta vuoden 1922 marraskuussa, mutta esitti siitä ostotarjouksen Virolle. Tähän ei kuitenkaan suostuttu. Vuonna 1927 ruhnulaiset alkoivat käyttää sukunimiä. Aiemmin nimet oli muodostettu etunimen ja asuinpaikan mukaan. Vuoden 1932 vaaleissa saksalaisen ja ruotsalaisen vähemmistöjen muodostama puolueliitto sai eniten ääniä Ruhnusta, yhteensä 116. Vuonna 1934 saarella oli 282 asukasta, joista 277 oli ruotsalaisia ja loput virolaisia. Vuonna 1940 Neuvostoliitto miehitti Viron ja samalla Ruhnun. Neuvostoliittolaiset asettivat saarelle sotilaitaan, mutta heidät evakoitiin 7. syyskuuta 1941 saksalaisten tieltä, jotka valloittivat saaren muutamaa viikkoa myöhemmin. Vuonna 1944 miltei kaikki ruhnulaiset lähtivät pakoon Ruotsiin Neuvostoliiton edetessä Virossa. Vain kaksi perhettä jäi saarelle.[2]

Vironruotsalaisten lähdettyä asukkaita tuli Saarenmaalta ja Kihnusta. Vuonna 1949 saarella asui 113 henkilöä. Vuonna 1958 Ruhnuun perustettiin Kommunismi Majak -niminen kalastuskolhoosi, jossa työskenteli 61 henkilöä. Vuonna 1958 rakennettiin saaren ensimmäinen sähkövoimala. Vuonna 1960 vanha puukirkko kunnostettiin ja avattiin uudelleen kotiseutumuseona. Vuonna 1961 saarella oli 175 asukasta. Saareen iski tuhoisa myrsky vuonna 1969 ja se kaatoi lähes 65 % saaren metsistä. Lisäksi se vahingoitti taloja ja veneitä. Samana vuonna saarelle porattiin 787,4 metriä syvä porauskaivo, kun sieltä yritettiin etsiä öljyä tai maakaasua. Mitään ei löytynyt, mutta porauskaivosta tuli Viron syvin. Vuonna 1970 Kommunismi Majak lopetti toimintansa. Viron itsenäistyttyä Ruhnusta tuli osa Viroa. Vuonna 1993 saarella oli 53 asukasta ja lisäksi noin 10 upseeria perheineen ja 40 venäläistä sotilasta. Viimeinen venäläinen armeijan edustaja, eräs upseeri, lähti perheineen saarelta vuoden 1994 lokakuussa.[2]