Kivikaiverruksia on löydetty useista Ladakhin osista, mikä osoittaa alueella olleen asutusta neoliittiselta kaudelta saakka.[1] Ladakhin aikaisimmat asukkaat olivat sekoitus indoarjalaisia moneja ja dardeja,[2] jotka mainitaan Herodotoksen,[3] Nearkhoksen, Megastheneen, Pliniuksen[4] ja Ptolemaioksen[5] teoksissa sekä Puranoiden maantieteellisissä luetteloissa.[6] Ensimmäisen vuosisadan aikaan Ladakh kuului Kušana-valtakuntaan. Buddhalaisuus tuli läntiseen Ladakhiin toisella vuosisadalla Kashmirin kautta, kun suurin osa itäisestä Ladakhista ja Länsi-Tiibet harjoittivat bön-uskontoa. 600-luvun buddhalainen matkailija Xuán Zàng myös kuvailee alueen uskontoa kertomuksissaan.[7]

700-luvulla Ladakh joutui idästä laajenevan Tiibetin ja Keski-Aasiasta solien kautta kulkeutuvien kiinalaisten vaikutteiden väliin, ja oli vuoroin Tiibetin, vuoroin Kiinan vasallina. Vuonna 842 Nyima-Gon, tiibetiläinen kuninkaallinen, otti Ladakhin hallintaansa sen jälkeen kun Tiibetin valtakunta oli hajonnut, ja perusti erillisen Ladakhin dynastian. Tällä kaudella Ladakh tiibetiläistyi, ja sen väestö muuttui pääosin tiibetiläiseksi. Dynastia johti "buddhalaisuuden toista leviämistä", tuoden uskonnollisia ideoita Luoteis-Intiasta, erityisesti Kashmirista.[8]

Islamilaisen vallan myötä Intian niemimaalla 1200-luvulla Ladakh päätti tukeutua uskonnollisissa kysymyksissä Tiibetiin. Lähes kahden vuosisadan ajan, noin vuoteen 1600 saakka, viereiset muslimivaltiot kohdistivat Ladakhiin ryöstöretkiä ja hyökkäyksiä, mikä johti Ladakhin heikkenemiseen ja hajautumiseen sekä ladakhilaisten osittaiseen kääntymiseen islamiin.[9][1][6]

 

Tiksen luostari Ladakhissa.

Kuningas Bhagan yhdisti Ladakhin ja vahvisti sitä, perustaen Namgyal-dynastian,[10] joka on säilynyt nykyaikaan saakka. Namgyalit karkottivat suurimman osan keskiaasialaisista hyökkääjistä, ja kuningaskunta ulottui väliaikaisesti jopa Nepaliin saakka,[1] ennen keskitettyjä yrityksiä käännyttää alue islamiin ja tuhota buddhalaista esineistöä.[9][1] 1600-luvun alussa tuhoutuneita esineitä ja gompia yritettiin restauroida, ja kuningaskunta laajentui Zanskariin ja Spitiin. Suurmogulien valtakunta, joka oli vallannut jo Kashmirin ja Baltistanin, kuitenkin voitti Ladakhin, joka onnistui silti säilyttämään itsenäisyytensä.

1600-luvun lopulla Ladakh asettui Bhutanin puolelle sen ja Tiibetin välisessä konfliktissa, minkä vuoksi Tiibet hyökkäsi Ladakhiin. Kashmir auttoi Ladakhia valtansa palauttamisessa sillä ehdolla, että Lehiin rakennettaisiin moskeija ja että Ladakhin kuningas kääntyisi islamiin. Temisgamin sopimus vuonna 1684 lopetti kiistan Tiibetin ja Ladakhin välillä, mutta jälkimmäisen itsenäisyyttä rajoitettiin huomattavasti. Vuonna 1834 dograt valloittivat Ladakhin Zorawar Singhin, Ranjit Singhin kenraalin komennuksessa. Ladakhilaisten kapina vuonna 1842 murskattiin, ja Ladakh liitettiin Jammun ja Kashmirin dogra-valtioon. Namgyal-suvulle annettiin Stokin jagir-alue, jonka se on pitänyt nimellisesti hallussaan tähän päivään saakka. 1850-luvulta lähtien eurooppalaisten vaikutus Ladakhissa lisääntyi – geologit, urheilijat ja matkailijat alkoivat tutkia Ladakhia. Vuonna 1885 Lehistä tuli herrnhutilaisen lähetysaseman päämaja.

Intian jaon aikaan vuonna 1947 dogra-hallitsija maharadža Hari Singh ei ollut varma, tulisiko hänen liittyä Intian unioniin vai Pakistaniin. Vuonna 1948 pakistanilaiset valloittivat alueen, ja miehittivät Kargilin ja Zanskarin, edeten 30 kilometrin päähän Lehistä.[1] Intian hallitus lähetti Ladakhiin joukkoja, kun sen hallitsija oli allekirjoittanut liittymissopimuksen, joka teki siitä Intian liittovaltion osan. Vuonna 1949 Kiina sulki rajan Nubran ja Xinjiangin välillä, estäen kulun vanhoilla kauppareiteillä. Kun Kiina hyökkäsi Tiibetiin vuonna 1950, Ladakhiin suuntautui suuri tiibetiläisten pakolaisten virta. Vuonna 1962 Kiina miehitti Aksai Chinin, ja rakensi nopeasti sen läpi Xinjiangin ja Tiibetin yhdistäviä teitä. Maa rakensi myös Karakorumin maantien yhdessä Pakistanin kanssa. Intia rakensi taas samoihin aikoihin Srinagarin ja Lehin välille maantien, joka vähensi kaupunkien välistä matka-aikaa 16 päivästä kahteen.[1]

Kashmirin alue on yhä Intian, Pakistanin ja Kiinan välisen kiistan kohteena. Kargilissa taisteltiin vuosien 1947, 1965 ja 1971 sodissa ja se oli mahdollisen ydinasekonfliktin polttopiste Kargilin sodan aikana vuonna 1999. Alue jaettiin kahtia Kargilin ja Lehin piirikuntiin vuonna 1979. Vuonna 1989 buddhalaisten ja muslimien välillä oli väkivaltaisia mellakoita. Kun Ladakh oli vaatinut autonomiaa Kashmirin dominoimalta osavaltiohallitukselta, Ladakhin autonominen kehitysvaltuusto (engl. Ladakh Autonomous Hill Development Council) luotiin vuonna 1993.