Korkean synagogan (tšekki: Vysoká synagoga) rahoitti Mordechai Maisel, ja se valmistui vuonna 1568, samana vuonna kuin juutalainen kaupunki Sali. Luultavasti se on mallinnettu vuonna 1556 Puolassa rakennetun Krakovan korkean synagogan mukaan. Talon on suunnitellut P. Roder renessanssityyliin (valvojana rakennusmestari Rada). Se suunniteltiin juutalaisten kaupungintalon valtuutettujen saarnaamispaikaksi. Keskellä oli bimahia, joita ympäröivät istuimet. Mordechai Maisel antoi synagogalle Tooran palasia ja hopeatyökaluja. Stukokatto oli goottilainen uurrettu holvi.

Vuonna 1689 se tuhoutui suuressa tulipalossa. Synagoga rakennettiin uudelleen.

Vuonna 1883 J. M. Wertmüller rakensi synagogan uudelleen. Tämän muutoksen aikana julkisivu yksinkertaistettiin nykyaikaiseksi.

Vuonna 1907 itäinen sisäänkäynti suljettiin, ja uusi sisäänkäynti tehtiin Red Streetin (Červená ulice) puolelle.

Muut jälleenrakennukset tehtiin vuosina 1961, 1974–1979 ja 1982.

Natsien ja kommunistivallan aikana synagoga oli osa juutalaista museota ja siellä oli näyttely vanhoista heprealaisista kirjoista.