Kilwa Kisiwani on osittain raunioitunut satamakaupunki pienellä saarella Tansanian rannikolla. 800-luvulta alkaen se kasvoi huomattavaksi kauppakeskukseksi, jonka kautta kulki kultaa ja rautaa Zimbabwesta, norsunluuta ja orjia Tansaniasta ja tekstiilejä, jalokiviä, posliinia ja mausteita Aasiasta.

1200-luvulla kaupunki kasvoi Itä-Afrikan merkittävimmäksi kaupungiksi, jonka vaikutuspiiri ulottui Mosambikiin asti. Ibn Battuta ylisti kaupunkia vierailtuaan siellä vuonna 1330. Tuohon aikaan kaupungissa rakennettiin Husuni Kubwan palatsi ja laajennettiin suurta moskeijaa.

Aivan 1500-luvun alussa Vasco da Gama kunnioitti vielä tätä vaurasta islamilaista kaupunkivaltiota, mutta muut portugalilaiset valtasivat sen vuonna 1505. Jo seitsemän vuotta myöhemmin, vuonna 1512, arabit kaappasivat sen vuorostaan. Seuraavaksi kaupunki siirtyi Sansibaria hallinneille omanilaisille, ja heidän jälkeensä Ranskalle. Ranskalaiset hylkäsivät vanhan satamakaupungin vuonna 1840 ja rakensivat uuden linnoituksen pikkusaaren pohjoiskärkeen. Se oli osa Saksan Itä-Afrikkaa 1886–1918.

Rauniokaupunki on UNESCOn maailmanperintökohde.