تمبوکتو (در زبان کویرا چیئینی: تومبوتو) شهری در کشور مالی در آفریقای غربی است که در ۲۰ کیلومتری شمال رود نیجر و در لبه جنوبی صحرای بزرگ آفریقا قرار دارد. این شهر مرکز استان تمبوکتو یکی از هشت استان کشور مالی است و بر اساس سرشماری سال ۲۰۰۹ جمعیتی برابر با ۵۴٬۴۵۳ نفر دارد.

تمبوکتو که در گذشته سکونت گاهی غیر دائمی بوده، در قرن ۱۲ میلادی به سکونت گاهی دائمی بدل شده‌است. پس از جابجایی مسیرهای بازرگانی، تمبوکتو به عنوان مرکزی برای تجارت نمک، طلا، عاج و برده رونق گرفت. در قرن ۱۴ میلادی بخشی از امپراتوری مالی شد، در نیمه اول قرن ۱۵ میلادی قبایل طوارق برای مدت کوتاهی کنترل آن را در دست گرفتند و پس از آن در ۱۴۶۸ بخشی از امپراتوری سنغای شد. سعدیان در ۱۵۹۱ امپراتوری سنغای را از تمبوکتو عقب راندند و این شهر را به جای گائو به پایتختی برگزیدند.

مهاجمان طبقه جدیدی از حاکمان به نام آرمه را پدیدآوردند که بعدها در ۱۶۱۲ از سعدیان مستقل شدند. دوران طلایی شهر پایان یافت و شهر وارد دوره طولانی از افول شد. تا تسخیر شهر توسط فرانسویان در ۱۸۹۳ قبایل گوناگونی بر شهر حکم راندند، شرایطی که تا تبدیل شهر به بخشی از جمهوری مالی تداوم یافت. امروزه تمبوکتو از معضل بیابانی شدن رنج می‌برد.