کلیسای سیستین ((به لاتین: Sacellum Sixtinum); (به ایتالیایی: Cappella Sistina)) یک کلیسای بزرگ و معروف در شهر واتیکان است و در کاخ رسالت قرار گرفته که اقامتگاه رسمی پاپ محسوب می‌شود.

این کلیسا محل برگزاری همایش گزینش پاپ جدید است که پس از مرگ، استعفا یا برکناری پاپ برای انتخاب پاپ جدید با شرکت تمامی کاردینال‌های کلیساهای کاتولیک برگزار می‌شود. کلیسای سیستین همچنین به خاطر معماری و تزئینات فرسکوی هنرمندان عصر رنسانس همچون میکل آنژ، ساندرو بوتیچلی، پیترو پروجینو، پینتوروچیو و دیگران مشهور است. میکل آنژ ۱٬۱۰۰ متر مربع از سقف نمازخانه را در سال‌های ۱۵۰۸ تا ۱۵۱۲ میلادی و زیر قیمومیت پاپ ژولیوس دوم نقاشی کرد. نقاشی‌های سقف کلیسای سیستین و به ویژه اثر واپسین داوری (۱۵۳۴–۱۵۴۱) از شاهکارهای هنر نقاشی میکل آنژ به‌شمار می‌روند.