بومی‌ها مدت‌ها پیش از فتح منطقه توسط امپراتوری اینکا در این ناحیه سکونت یافتند. به دلیل جنگ‌ها و ازدواج‌ها با ملل مختلفی که ساکن دره‌های رشته کوه آند بودند، این ناحیه بخشی از قلمروی امپراتوری اینکاها شد. آتاهوالپا یکی از پسران امپراتور اینکا هواینا کاپاک در شهر کیتو متولد شد. با این وجود از آنجا که امپراتور پسر دیگری بنام هاسکار داشت که در کوسکو پایتخت امپراتوری اینکا متولد شده بود، تاج پادشاهی به وی نرسید؛ بنابراین امپراتوری به دو قسمت تقسیم شد: آتاهوالپا فرمانروایی قسمت شمالی را که مرکز آن کیتو بود دریافت کرد و هاسکار قسمت جنوبی را که مرکز آن کوسکو بود به ارث برد. در سال ۱۵۳۱ فاتحان اسپانیایی با فرمانروایی فرانسیسکو پیزارو وارد امپراتوری اینکاها شدند که به دلیل جنگ‌های داخلی بسیار ضعیف شده بود. آتاهوالپا به دنبال اتحاد با اسپانیایی‌ها برای غلبه بر هاسکار بود تا فرمانروایی کل امپراتوری اینکاها را به‌دست گیرد. اما اسپانیایی‌ها خود قصد تصرف داشتند و بنابراین در قلعه‌ای نظامی در کاخامارکا استقرار یافتند و در نبرد کاخامارکا آتاهوالپا را اسیر کرده و وی را گروکان گرفتند. وی در سلولی پر از طلا که مانع فرار او می‌شدند اسیر بود. در مدت اسارت، آتاهوالپا برنامه‌ای برای کشتن نابرادری خود در کوسکو طرح کرد. صحنه برای غلبهٔ اسپانیایی‌ها بر کل امپراتوری اینکاها آماده بود. با وجود اینکه اسپانیایی‌ها در محاصرهٔ اینکاها بودند؛ آتاهوالپا را اعدام کردند. اسپانیایی‌ها برای فرار از محاصرهٔ قلعه، تمامی توپ‌های خود را شلیک کردند و از میان اینکاها گریختند. در سال‌های بعدی اسپانیایی‌ها در پرو به قدرت رسیدند.

عده افراد بومی در دهه‌های اولیهٔ حکومت اسپانیایی‌ها به دلیل بیماری رو به کاهش نهاد؛ زمانی که بومی‌ها مجبور به کار کردن در سیستم کاری «انکومیاندا» برای اربابان اسپانیایی بودند. در سال ۱۵۶۳، کیتو بخشی از ناحیهٔ دولتی "audiencia" اسپانیا و محل حکومت نایب پرویی شد که پایتخت آن لیما بود.

پس از حدود ۳۰۰ سال از استعمارگری اسپانیایی‌ها، کیتو شهری با حدود ده هزار نفر جمعیت بود و در سال ۱۸۲۲ بود که اکوادور به جمهوری گرن کلمبیایی سیمون بلیوار ملحق شد و در سال ۱۸۳۰ جمهوری‌ای مستقل شد.

در سدهٔ نوزدهم، اوضاع ناحیه ناآرام بود و فرمانروایان یکی پس از دیگری به سرعت می‌آمدند. گابریل گارسیا مورنو در دههٔ ۱۸۶۰ با پشتیبانی کلیسای کاتولیک رم کشور را متحد ساخت. در اواخر دههٔ ۱۸۰۰، تقاضای جهانی برای کاکائو باعث وابستگی اقتصاد به صادرات کالا شد و این شرایط باعث مهاجرت به مناطق حاصلخیز ساحلی شد.

یک انقلاب آزادی‌خواه در نواحی ساحلی تحت رهبری الوی الفارو در سال ۱۸۹۵ باعث کاهش قدرت روحانیت شد و این حزب آزادی‌خواه تا زمان کودتای نظامی سال ۱۹۲۵ همچنان قدرت داشت. در دهه‌های ۱۹۳۰ و ۱۹۴۰ سیاست‌مداران مردمی مانند رئیس‌جمهور خوسه ماریا ولاسکو ایباررا که در پنج دوره رئیس‌جمهور بود نقشی پراهمیت داشتند.

اختلاف بر سر حکومت بر قلمرویی در آمازون باعث ایجاد اختلافی طولانی مدت بین اکوادور و پرو شده‌است. در سال ۱۹۴۱، یا تشدید اختلافات بین دو کشور جنگ درگرفت. پرو ادعا می‌کرد که حضور نظامی اکوادور در قلمرویی که پرو مدعی آن است در واقع حمله به خاک پرو است و اکوادور نیز همین ادعا را در مورد پرو داشت. در ژوئیه سال ۱۹۴۱ سربازان به حرکت درآمدند. پرو دارای نیروی نظامی متشکل از یازده هزار و ۶۸۱ سرباز بود، در حالیکه اکوادور تنها پنج هزار و ۳۰۰ نیروی نظامی غیر ماهر و گسسته داشت که هزار و ۳۰۰ تن از آن‌ها در نواحی جنوبی کشور استقرار یافته بودند. در پنج ژوئیه سال ۱۹۴۱، با عبور نیروهایی پرو از برخی محل‌های مرزی اکوادور برای بررسی توان نظامی نیروهای مرزی این کشور درگیری بالا گرفت. در نهایت در ۲۳ ژوئیه ۱۹۴۱، نیروهای پرو از مرز اکوادور در رودخانهٔ زارومیلا گذشتند و رسماً حملهٔ خود را به ناحیهٔ ال‌اوروی اکوادور آغاز کردند. در این جنگ پرو تمامی نواحی مورد ادعای اکوادور و همچنین ناحیهٔ ال‌اورو و قسمت‌هایی از ناحیهٔ لوخا (حدود ۶٪ کشور) را تصرف کرد و خواستار صرف‌نظرکردن اکوادور از نواحی مورد ادعایش شد. نیروی دریایی پرو بندر گوایاکیول را در اختیار گرفت و بدین‌ترتیب مانع تأمین تجهیزات مورد نیاز نیروهای اکوادور شد. پس از چندین هفته از جنگ، با فشار آمریکا و چندین کشور آمریکای لاتین جنگ متوقف شد. اکوادور و پرو در ۲۹ ژانویهٔ سال ۱۹۴۲ رسماً تفاهم‌نامه ریو را به نفع اتحاد نیمکره در مقابل نیروهای کشورهای محور در جنگ جهانی دوم امضاء کردند. در نهایت به دلیل پیروزی پرو نواحی مورد اختلاف به این کشور داده شد. پیش از اتمام کامل اختلافات دو جنگ دیگر اتفاق افتاده بودند. "رجوع کنید به جنگ پاکیوشا و جنگ سنپا.

 

یادبود کنفرانس بین سیمون بولیوار و خوسه د سن مارتین

رکود اقتصادی و نارضایتی عمومی باعث بازگشت به سوی سیاست‌های مردمی در دههٔ ۱۹۶۰ شد، در حالیکه شرکت‌های خارجی در ناحیهٔ آمازون اکوادور منابع نفتی کشف کرده و آن‌ها را توسعه می‌دادند. در سال ۱۹۷۲، ساخت لولهٔ نفتی آندیان که نفت را از شرق به ساحل می‌آورد به اتمام رسید و بنابراین اکوادور به دومین تولیدکنندهٔ بزرگ نفت در آمریکای جنوبی تبدیل شد. در همان سال یک گروه نظامی ملی جونتا دولت را مغلوب کرد و تا سال ۱۹۷۹ همچنان بر قدرت ماند، تا اینکه در آن سال فشارهای نهادهای مردمی‌دموکراتیک بسیار افزایش یافت. در سال ۱۹۸۲، دولت با بحران اقتصادی ناشی از تورم بالا، کسری بودجه، کاهش ارزش پول کشور، افزایش بدهی و مشکل از صنایع غیررقابتی مواجه شد که منجر به بی‌ثباتی دولت شده بود.

سال‌های متمادی بی‌کفایتی در ادارهٔ کشور که با ناتوانی در رسیدگی به بدهی‌های کشور در زمان حکومت نظامی آغاز شده بود، در واقع کنترل و ادارهٔ کشور را غیرممکن کرده بود. در اواسط دههٔ ۹۰، دولت اکوادور دارای نهاد اجرایی بسیار ضعیفی بود که برای راضی کردن دولتمردان در هیئت قانونگذاری و قضایی تقلا می‌کرد. سه رئیس‌جمهور آخر منتخب مردم هیچ‌کدام تا آخر دورهٔ ریاست جمهوری خود بر سر کار نماندند.

از جمله مهم‌ترین عوامل در بی‌ثباتی دموکراتیک اکوادور ظهور جمعیت بومی به عنوان جزئی فعال در دولت بود. این افراد به دلیل ناتوانی دولت در تحقق وعده‌هایش در مورد اصلاحات ارضی، بیکاری و استثمار مالکان زمین نسبت به دولت بدبین بودند. نهضت آن‌ها به همراه حرکت‌های مشابهِ چپ‌گراها و طبقهٔ ممتاز باعث کاهش توان نهاد اجرایی شد. بخش عمومی و سایر بخش‌های دولت سرمایهٔ سیاسی کمی در اختیار رئیس‌جمهور قرار می‌دادند، همانطوری‌که در زمان عزل رئیس‌جمهور لوسیو گوتیِرس در آوریل ۲۰۰۵ در کنگرهٔ اکوادور اتفاق افتاد. الفردو پالاسیو معاون رئیس‌جمهور جای او آمد و تا زمان انتخابات عمومی اکوادور ۲۰۰۶ در ۲۰۰۶ روی کار ماند، که در ابتدا برنده‌ای نداشت، تا زمانی که در ۲۶ نوامبر در انتخابات نهایی رافائل کورئا بر آلوارو نوبا پیروز شد.[۱]