1080 urteko agiri batean hiri gotortu gisa agertzen da Vernazza. Italiako nobleziaren parte zen Obertenghi familiaren itsas egoitza aktiboa zen, piraten aurkako itsas flotaren egoitza hain zuzen ere. Genovako Errepublikarentzat ere kai garrantzitsua izan zen Liguria eskualdearen konkistan. 1209an Vernazzako 90 familiak Genovarrekin aliantza ituna sinatu zuten. 1267an San Pedro eliza aipatzen da eta 1318an Santa Margherita d'Antiochia eliza. XV mendean piratei aurre egiteko harresia eraiki zuen Vernazzak.

XVII mendean herriaren gainbehera hasi zen, zeukan isolamenduaren erruz. XIX mendean trenbidea iristearekin batera Vernazzaren merkataritza garatu zen eta aintzinako ardogintza jarduerari berriz ekin zioten.

2011ko urriaren 25ean eurijasa handiek eragindako lurjausi eta uholde handiak jasan zituen eta herria lau metrotako lokatza geruzak estali zuen.