Paleolito eta neolito aroetako aztarnak aurkitu diren arren feniziarrak izan ziren K.a. 1000 urte inguruan lehen asentamendua sortu zutenak. Erromatarren garaiko jarduera ekonomikoa itsasoari loturik egon zen, bai merkataritzari eta baita gatzagei ere. Cetobriga izena eman zioten, "Gatzagen hiria". Erromatar Inperioaren gainbeherak itsas merkataritzaren galera ekarri zuen eta biztanleek alde egin behar izan zuten.

Mairuen garaian Shetúbar (شَطُوبَر) izena izan zuen eta 1249an kristauek konkistatu eta Portugalgo erresuman sartu zenean foruak jaso zituen. Mairuen aurkako gerrak amaitzean loraldi ekonomikoa iritsi zen Setúbalera. XIV mendean harresiak eraiki ziren herria Afrika iparraldeko pirata eta kortsariotatik babesteko.

1580an gaztelarren aurrean matxinada burutu zuen Prior do Cratoren alde egin zuen hiriak eta Albako dukeak sarraski bat eraginez birkonkistatu zuen Setúbal. 1582an San Felipe gotorlekua eraiki zen. Hurrengo urteetan ere matxinada berriak izan ziren (1588, 1594, 1603, 1628, 1630) azkenean 1640an Joanes IV.a Portugal independienteko errege berria bihurtu zen arte.

Hurrengo mendeetan itsas merkataritzari esker nazioarte mailako kaia bihurtu zen. XIX mendean ingelesek St. Ubes eta frantsesek St Yves deitu zioten. 1860an Petri V.a Portugalgoak hiri estatusa eman zion.