Samarra, antzina, Mesopotamiako hiri nagusietako bat izan zen. Islamaren aurreko hiria zena hiri berri batez aldatu zuten abbastarrek 835. urtean, Al-Mutasim kalifak hiriburu egin baitzuen Bagdaden ordez. Kaliferriko hiriburu izan zen 892. urtera arte, berriro ere Bagdad hiriburutzat ipini zuten arte. Bitarte horretan, hiri galanta egin zen; musulmanen inoizko meskita handiena ere orduan eraiki zuten, Al Askari, 944. urtekoa. Hamargarren eta hamaikagarren iman xiiten mausoleoak eraiki ziren bertan, eta Samarra erromes xiiten gune garrantzitsu bilakatu zen. 2006ko otsailaren 22an atentatu batean suntsitu zuten, eta 2007ko ekinaren 13an beste atentatu bat jasan zuen: hondakin batzuk eta minarete ikusgarria baino ez dira geratzen aztarnatzat.

XX. mendean, Irakeko estatukoa izaki, hiri garrantzitsu bihurtu zen Tharthar urtegia egin zutenean handik hurbil, eta biztanleria hazi egin zen. Nagusiki, xiitak dira biztanle gehienak, baina Sadam Hussein diktadorearen gobernuak xiitok menpean hartuta zituen. 2003. urtean, estatubatuarrek eta britainiarrek Irak inbaditu ondoren, tentsio-une larriak sortu izan ziren lurraldean, eta hainbat atentatu ere egin ziren okupatzaileen eta euren laguntzaile xiiten kontra: halako atentatu batean eraitsi zuten Al Askari meskita; oraindik argitzeke dago nor izan zen atentatugilea.