Erromatarren garaian Aeminium izena izan zuen eta Conimbriga (gaur egun Condeixa-a-Novan) villa erromatarraren menpe zegoen. 569 eta 589 artean suebo eta visigodoek hura harpilatu zutenean Aeminium bihurtu zen Conimbrigako diozesiaren egoitza. Visigodoek Eminio izena eman bazioten ere denborak aurrera egin ahala hiriak Colimbria izena hartu zuen eta VIII menderako visigodoen menpeko Coimbrako konderria sortu zen.

714 urtean Musa ibn Nusair jeneral musulmanak konkistatu zuen eta Qulumriyah (arabieraz قُلُمْرِيَة‎) bihurtu zen. Garrantzitsua izan ez arren Tajo ibaiaren iparraldera arabiarrek izan zuten hiri handiena zen. Harresien barnean 10 hektareatako azalera zegoen eta 3.000 eta 5.000 biztanle artean izan zituen.

987 eta 1116 urteen artean eskuz esku erabili zuten mairuek eta kristauek. Gaur egungo hiriaren sorrera 1111 urtean finkatzen da. Fernando I.a Leon eta Gaztelakoa izan zen hiria eskuratu zuena eta 1112 urtean Portucale eta Coimbra konderriek bat egin zuten. Afonso Henriques erregeak Coimbran ezarri zuen egoitza XII mendean eta lurraldea babesteko hainbat gaztelu eraiki zituen inguruan, Leiria, Soure, Rabaçal, Alvorge eta Ansião hirietan besteak beste. Coimbra inguruko lurrak oso emankorrak ziren eta ibaia ere bertan zeukatenez hiriak garapen handia izan zuen. Gotortu egin zen, zubiak eraiki zituizten eta Santa Cruz monasterioa eta Katedral zaharra ere bai.

Erdi Aroan Coimbra bi zatitan banaturik zegoen, goiko hiria (Cidade Alta edo Almedina), aristokrazia eta kleroaren bizilekua, eta beheko hiria (Cidade Baixa edo Arrabalde), Mondego ibaiaren ertzean, merkatariak eta artisauak bizi zirena. Azken honetan juduen auzoa ere bazegoen. 1290ean Unibertsitatea sortu zen Lisboan eta XIV mendean Coimbrara ekarri zuten, Coimbrako Unibertsitate famatua sortuz.

XV eta XVI mendeetan Portugalgo "aurkikuntzen aroa" izan zen eta Coimbra Portugalgo erdigune artistikoa bihurtu zen, apezpikuek eta aritokratek herrialdeko artista handienak erakarri baitzituzten, Diogo Pires eta João de Castilho beteak beste. 1772an unibertsitatean erreforma handiak egin zituen Pombalgo markesak, zientzia ikasketei garrantzi berezia emanez.

XIX mendearen hasiera gogorra izan zen Coimbran. Frantziarren eskuratu zuten Coimbra eta 1810 arte bertan izan ziren. Nicholas Trant britainiarraren agindutara 4.000 solsadu portugaldarrek berreskuratu zuten borroka gogorren ostean. 1854an erlijio ordena batzuk kanporatuak izan ziren eta Coimbrako udalerriak hainbat erreforma izan zituen botere elementuak berregituratzeko. Mendearen amaiera alderarte hiria ez zen bere onera etorri.