Portugallased jõudsid Kõigi Pühakute lahte samal aastal, mil nad Brasiilia avastasid, 1500. Samal aastal sai laht ka nime, mida kannab tänapäevani.

16. sajandi esimesel poolel käisid eurooplased korduvalt lahes ja lahe kaldal võis olla isegi väike asula. Kuid Salvadori linna alguseks loetakse 29. märtsi 1549, mil sinna saabus esimene Brasiilia kindralkuberner Tomé de Sousa laevastikutäie ümberasujatega Portugalist. Kõigi Pühakute lahe kõrgele kaldale rajati Brasiilia esimene pealinn. See sai kiiresti Brasiilia suurimaks sadamaks ning suhkrutööstuse ja orjakaubanduse keskuseks.

17.–19. sajandil immigreerus Bahia osariiki palju juute, aga sellegipoolest jäi Salvador põhiliselt katoliiklikuks linnaks. 1552 asus linna esimene piiskop Brasiilias ja tänapäevani on Salvador Brasiilia katoliikluse keskus.

Salvador jagunes kaheks osaks, üla- ja all-linnaks. Ülalinn oli Salvadori haldus- ja usukeskus ning seal elas enamik inimesi. All-linnas olid rahanduskeskus, sadam ja turg. 19. sajandi lõpul ehitati üla- ja all-linna ühendamiseks köisraudtee ja lift.

1602–63 kestis Hollandi-Portugali sõda. Selle käigus vallutas ja rüüstas Hollandi admiral Piet Pieterszoon Hein Lääne-India Kompaniist Salvadori 1624. aasta mais ja hoidis seda koos teiste Brasiilia sadamalinnadega enda valduses kuni 1625. aasta 1. maini, mil Portugal linna pärast kuu aja pikkust piiramist tagasi vallutas. Hiljem mängis Salvador olulist osa Portugali ja Brasiilia vastuseisus Hollandi rünnakutele. Sõja võitis Portugal läänepoolkeral ja Holland idapoolkeral ning kumbki tunnustas vastaspoole iseseisvust.

Salvador oli Brasiilia esimene pealinn ja jäi selleks kuni 1763, mil pealinnaks määrati Rio de Janeiro. Hiljem sai Salvador Brasiilia iseseisvusliikumise baasiks. 1812 ründas linna Portugali sõjavägi. Brasiilia riigi kontrolli alla läks Salvador 2. juulil 1823.

Seejärel toimus Salvadoris mõningane allakäik, mis tulenes sellest, et linnas ei tekkinud arvestatavat tööstust. Salvador jäi siiski kultuuri- ja turismikeskuseks.