Kõrg sünagoogi (tšehhi keeles Vysoká synagoga) rahastas Mordechai Maisel ja see valmis 1568. aastal, samal aastal kui juudi linn Hall. Tõenäoliselt on see kujundatud Krakówi kõrge sünagoogi eeskujul, mis ehitati 1556. aastal Poolas. Maja projekteeris P. Roder renessanss-stiilis (ehitajaks oli meister Rada). See oli kujundatud juudi raekoja nõunike jutluspaigaks. Keskel olid bimah, ümbritsetud istmetega. Mordechai Maisel andis sünagoogile Toora tükid ja hõbetööriistad. Krohvlagi oli gooti ribivõlvitud.

1689. aastal hävis see suures tulekahjus. Sünagoog rekonstrueeriti.

1883. aastal ehitas sünagoogi ümber J. M. Wertmüller. Selle modifikatsiooni käigus lihtsustati fassaad tänapäevase välimusega.

1907. aastal suleti idapoolne sissepääs ja uus sissepääs tehti Punase tänava poole (Červená ulice).

Teised ümberehitused toimusid aastatel 1961, 1974–1979 ja 1982.

Natside ja kommunistide võimu ajal kuulus sünagoog Juudi Muuseumi koosseisu ja seal oli näitus vanadest heebrea raamatutest.