Tōkyō prefektuur (jaapani keeles 東京都) on prefektuur Jaapanis. Kuigi Tōkyōt peetakse linnaks, on see halduslikult üks Jaapani 47 prefektuurist. Erinevus on selles, et kui enamik prefektuure kannab jaapani keeles nimetust 県 -ken, siis Tōkyō kannab nimetust 都 -tō, mida võib tinglikult tõlkida ka "pealinnaprefektuuriks". Kitsamas mõttes loetakse Tōkyō linnaks 23 eriringkonda prefektuuri idaosas, kuid need ei moodusta ühtset haldusüksust.

Tōkyō prefektuuris elab 13 miljonit inimest, kuid sajad tuhanded ümbruskonna inimesed käivad Tōkyōs tööl.

Tōkyō on Jaapani poliitiline, majandus-, kultuuri-, haridus- ja teaduskeskus, Jaapani keisri ja valitsuse residents ning kogu Ida-Aasia suur äri- ja finantskeskus. Tōkyō prefektuurivalitsuse hoone asub Shinjukus.

Pilvelõhkujaid on Tōkyōs vähem kui paljudes teistes nii suurtes linnades. Põhjuseks on eeskätt maavärinaohtlikkus. Hoonestus koosneb peamiselt kuue- kuni kümnekorruselistest kortermajadest ja tihedalt koos paiknevatest eramutest.

Ühistranspordisüsteem on maailma keerukaim. Tōkyō tipptunnid on maailmakuulsad.