La comunidad del M'zab fue fundada por los ibadíes rostomitas en el siglo X, que buscaban un refugio aislado donde preservar su religión después de que la capital de su reino, Tiaret, fuese destruida por los fatimíes en 933. Crearon cinco ciudades fortificadas (ksour) que aún permanecen intactas en este singular paraje del desierto del Sahara. Por ello el M'zab es llamado tradicionalmente la Pentápolis. La primera fue El Ateuf, fundada alrededor de 1012. Las cinco ciudadelas originales son:

Ghardaïa (Tagherdayt), la ciudad principal Beni Isguen (At Isjen) Melika (At Mlishet) Bounoura (At Bunur) El Ateuf (Tajnint)

Más adelante se levantaron otras dos ciudades, situadas más al norte y fuera del valle, aunque cultural y políticamente pertenecen al M'zab:

Berianne El Guerrara

Del siglo XIV al siglo XVI, el M'zab perteneció al reino zianí.

A partir del siglo XVIII, el M'zab se confirmó como un importante cruce de las rutas comerciales que unían los países subsaharianos con el norte de Argelia, y de Libia con Marruecos. Las mercancías eran la sal, los dátiles, el marfil, el oro y las armas. El M'zab era también un importante centro de tránsito del comercio de esclavos.

A lo largo de los siglos, varios pueblos nómadas arabófonos se han instalado en el valle. Los de religión makelí, como los Beni merzoug y los M'dabih, se fijaron en Ghardaïa. Los Chaâmba, procedentes de la cercana Metlili, se establecieron en Melika gracias a un acuerdo firmado con los habitantes de la ciudad en 1317. Los Mekhadma constituyeron comunidades reducidas en Bounoura y El Ateuf.

Después de la toma de Laghouat por los franceses, la federación de las siete ciudades mozabíes firmó en 1853 un tratado que les garantizaba cierta autonomía a cambio del pago de una cantidad anual. Pero bajo la excusa de las frecuentes incursiones nómadas en el valle, las tropas francesas anexionaron el M'zab en 1882.

Cuando Argelia se independizó de Francia en 1962, la comunidad judía mozabí que llevaba siglos en el valle se exilió a Francia.