Los primeros pobladores se asentaron en la zona de Seyðisfjörður en 1848. Fue fundada por pescadores noruegos, que construyeron muchos de los edificios que aún hoy existen.

En 1890 Seyðisfjörður tenía 377 habitantes.[1]​ Fueron otorgados los privilegios y el título oficial de una ciudad el 8 de mayo de 1894.[2]​ Seyðisfjörður era la cuarta comunidad islandesa que obtuvo dicho título. Seyðisfjörður fue utilizada como base militar por las fuerzas británicas y estadounidenses durante la Segunda Guerra Mundial. En 1989 tenía 997 habitantes.[3]​ Es en esta ciudad dónde se filmaron las temporadas 1 y 2 de la serie Trapped.

En 1998 fueron excavados los cimientos de una stavkirke del siglo XI cerca de la granja Þórarinsstaðir a proximadamente 10 km de Seyđisfjörđur en el este.[4]​ En octubre de 2020 se unieron las ciudades de Egilsstaðir y Seyðisfjörður con las comunidades de Djúpivogur, Fellabær y Borgarfjörður eystri para formar la nueva comunidad de Múlaþing que es la comunidad más grande del país con un área de 10.671 km².