Fue fundado en 767 por el monje budista Shōdō y originalmente fue un templo budista, pero luego fue transformado en un santuario sintoísta. Se le rinde tributo a los kami Ōkuninushi, Takirihime y Ajisukitakahikone, que son representados respectivamente por el monte Nantai, el monte Nyohō y el monte Tarō. El santuario está compuesto de varios edificios, construidos en diferentes épocas, aunque la mayoría fueron realizados a comienzos del Periodo Tokugawa.

El recinto principal Honden, y su edificio vecino Haiden; fueron construidos en 1619. El primero fue trasladado en 1645, y el segundo reconstruido este mismo año para aprovechar el espacio dejado por su vecino. El recinto Shin-yosha fue construido en 1617, como un lugar de veneración parte del santuario Tōshōgū, pero fue trasladado en dos ocasiones, en 1638 y en 1641, formando parte actualmente de Futarasan-jinja. Conserva su estilo arquitectónico original, y se lo considera como la fuente de información más antigua del estilo utilizado en las primeras etapas de construcción de Tōshōgū.[1]​