Pokhara se encuentra en una importante ruta comercial antigua entre el Tíbet y la India. En el Siglo XVII formaba parte del influyente Reino de Kaski, que fue uno de los Chaubise Rajaya (los 24 reinos de Nepal) gobernado por una rama de la dinastía Shah. Muchas de las montañas alrededor de Pokhara conservan todavía ruinas medievales de la época. En 1752 el Rey de Kaski promovió el comercio entre Bhaktapur y Pokhara. Su patrimonio puede ser visto en la arquitectura a lo largo de las calles de Bagar.

 Manifestación en Pokhara por la independencia del Tíbet. De 1959 a 1962, unos 300.000 refugiados llegaron a Nepal tras la invasión por parte de China.

Los hindúes trajeron su cultura y costumbres desde Katmandú y se establecieron en todo el valle de Pokhara. En 1768 Prithvi Narayan Shah añadió Pokhara a su reino, y la ciudad se convirtió en un importante lugar comercial de paso en las rutas desde Katmandú a Jumla y de la India al Tíbet.

De 1959 a 1962 unos 300.000 refugiados llegaron a Nepal del Tíbet, que había sido anexionado por China. Cuatro campamentos de refugiados se establecieron en el valle de Pokhara: Tashipalkhel, Tashiling, Paljorling y Jambling. Con el tiempo, estos campamentos se transformaron en asentamientos. Debido a su arquitectura diferente y sus banderas de oración, pueden ser fácilmente distinguidos de los demás asentamientos.

Hasta el final de la década de 1960 a la ciudad solo se podía acceder a pie y por ello se consideraba un lugar aún más místico que Katmandú. La primera carretera se terminó en 1968, tras lo cual el turismo y la ciudad crecieron rápidamente. El área a lo largo del lago Phewa se convirtió en uno de los principales centros de turismo de Nepal.