Ocupada por Francia desde 1841 interesado por su bella rada, o sea 55 años antes del resto de Madagascar, después rápidamente colonizada, Nosy Be se volvió, en el siglo XIX, una colonia comercial importante al lado oeste de Madagascar. A partir de los años 1850, los pobladores y las plantaciones de renta se incorporaron en las empresas de colonias de la Isla de Reunión, mauricianas y francesas. La isla forma parte con la isla Santa María del gobierno de Mayotte y contaba con 15.000 habitantes en 1865. Se unió a Madagascar al final de siglo.

También, la pequeña isla tenía una colonia agrícola, recubierta de campos de caña de azúcar, de café, de sésamo, de arroz, maíz, de patatas y de mandioca. Se cosechó las flores de cananga a partir del año 1920. Es esta actividad la que le da el nombre de Isla de los perfumes.