Maqueta del monasterio, en Cataluña en Miniatura

La construcción del monasterio se inició fuera de las murallas de Gerona cuando Ramón Borrell vendió (en 992) al abad el dominio sobre el barrio de Sant Pere. Al año siguiente, el cenobio recibió una importante donación del testamento del mismo conde.[1]​ El control de los abades sobre el barrio finalizó en el 1339 cuando Pedro III recuperó los derechos reales.

En el año 1117, Ramón Berenguer III unió Sant Pere con el monasterio francés de La Grassa del Llenuadoc aunque siguió conservado abad propio. Aunque la unión continuó, un siglo más tarde era meramente nominal.

No fue nunca una gran abadía. La comunidad estaba compuesta por el abad, seis monjes y seis clérigos. Aunque era la parroquia del barrio de Sant Pere, la cercana iglesia de Sant Nicolás realizaba estas funciones. En Sant Pere únicamente tenían lugar los bautismos.

A partir del siglo XV la actividad del monasterio empezó a decaer. En 1592 quedó unido a los monasterios de Sant Miquel de Cruïlles y el de Sant Miquel de Fluvià que también se encontraban en decadencia. La unión no sirvió para incrementar la actividad monástica en ninguno de los tres cenobios. Sant Pere contaba en 1835, fecha en la que se produjo su exclaustración, con un abad y cuatro monjes.

↑ En 1131 Ramón Berenguer III legó ad operam ipsius Ecclesiae un tercio de la moneda acuñada en Gerona. Con estas rentas se pudieron emprender obras arquitectónicas importantes.