En la primera mitad del siglo XIII a. C., todos los asentamientos costeros desaparecieron casi repentinamente por la llegada a Sicilia de los sículos y otras poblaciones itálicas; la población indígena abandonó la franja costera y buscó refugio en las accidentadas y poco habitables montañas, elegidas porque eran defendibles, y se reunió en grandes aglomeraciones.

Históricamente se señala que el rey Hiblón concedió permiso a los megarenses, al mando de Lamis, para establecerse en una franja de tierra de su territorio y fundar Mégara Hiblea en el año 728 a. C.[1]​ Pero el posterior nacimiento y expansión de Siracusa determinó la destrucción del reino, expandiéndose el reino de Siracusa tierra adentro, con la fundación de Acras en el año 664 a. C. De esta época quedan los vestigios del llamado Palazzo del Príncipe o Anaktoron, además de la presencia de una vasta necrópolis de unas 5000 tumbas en pequeñas cuevas artificiales, excavadas en la roca.

La zona de la necrópolis no fue sólo habitada en época griega, sino también durante los primeros siglos de la Edad Media, cuando las poblaciones afectadas por las incursiones de los bárbaros, de los piratas y luego de los sarracenos debieron buscar refugio seguro y lo encontraron sobre las rocas inaccesibles. Aún hoy son visibles los restos de las habitaciones excavadas en la roca en época bizantina y los restos de pequeños oratorios rupestres llamados Grotta del Crocifisso («Caverna del crucifijo»), la Grotta di San Nicolicchio y la Grotta di San Micidario.

El primer estudioso de Pantálica fue el arqueólogo Paolo Orsi.