Astilleros Reales del rey Pedro III de Aragón. El 23 de octubre de 1936 y por decreto de la Generalidad se creó el Museo Marítimo de Cataluña. Desde unos años atrás y por la Junta del Patronato del Instituto Náutico del Mediterráneo, se había impulsado la creación de un museo marítimo junto con una biblioteca naval, ya que la Escuela Náutica de Barcelona, fundada en 1769, disponía de una colección de maquetas e instrumentos con el nombre de Museo o Gabinete Naval. Esta colección es la que sería la base del museo que se pretendía crear y que a la entrega de las Atarazanas a la ciudad, por el abandono de las instituciones militares que lo ocupaban, hizo que se destinara el edificio a dicho museo.

Por los ataques y bombardeos provocados por la guerra civil española durante el año 1936, la Generalidad tomó la decisión de evacuar las piezas más importantes y trasladarlas al Mas Figarola, situado en la población de Seva (provincia de Barcelona). Estas circunstancias de la guerra y el cambio posterior de régimen retrasaron la apertura del museo al público. Finalmente fue inaugurado el 18 de enero de 1941, ya con el nombre de Museo Marítimo de Barcelona.

En 1958 fue nombrado director del museo José María Martínez-Hidalgo, realizando una gran labor (entre otras cosas la construcción de la Galera Real) hasta su jubilación en 1983,[1]​ El 14 de junio de 1974 en presencia del presidente del Gobierno Carlos Arias Navarro se constituyó el Patronato del Museo Marítimo, con una composición paritaria del Ayuntamiento y Diputación.[2]​ Más tarde, el 1 de febrero de 1993, se constituyó el Consorcio de las Dársenas Reales y Museo Marítimo de Barcelona,[3]​ por acuerdo entre el Ayuntamiento, la Diputación y la Autoridad Portuaria de Barcelona.

Desde el año 1999 el museo se ha abierto más a la ciudadanía, cediendo parte de sus espacios para la celebración de actos diversos por entidades de la ciudad, para exposiciones y actividades pedagógicas.