Desde el siglo XIII se ha extraído salmuera hacia la superficie y se ha recolectado y procesado para su uso como sal de mesa. En esta época se empezaron a perforar los primeros pozos para extraer la halita. Entre finales del siglo XIII y comienzos del XIV se construyó el castillo de Saltworks. Actualmente Wieliczka alberga el Museo Saltworks de Cracovia.[1]​

El rey Casimiro III el Grande (r. 1333-1370) contribuyó en gran medida al desarrollo de las minas de sal de Wieliczka, cediendo múltiples privilegios y ocupándose él mismo de su cuidado. En 1363 fundó un hospital cerca de las minas. Con el trascurso de la utilización de la mina, se excavaron nuevas salas y se añadieron varias tecnologías, como la caminadora de caballos húngaro y la de Sajonia para transportar la sal hacia el exterior.[1]​

Durante la Segunda guerra mundial, la mina fue utilizada por las fuerzas de ocupación alemanas como almacén de guerra y fábrica subterráneas. Los nazis trasladaron a miles de judíos desde los campos de concentración de Plaszow y Mielec hasta la mina de Wieliczka para trabajar en la fábrica de armamento subterránea entre marzo y abril de 1944. El campo de concentración de la mina se estableció en el parque de Santa Kinga y albergó a unos 1700 prisioneros.[2]​ Sin embargo, la producción nunca se llevó a cabo debido al avance soviético en las cercanías. Algunas máquinas y equipamiento fueron desmantelados, incluyendo una grúa eléctrica que fue transportada a Liebenau en la cordillera de los Sudetes. Otra parte del material fue devuelto tras la guerra en otoño de 1945[3]​ y los judíos se contrataron en fábricas de Litoměřice (Chequia) y Linz (Austria).[1]​