Gobarau es uno de los edificios más grandes de África occidental,[1]​ y se cree que su construcción se completó durante el reinado de Sarkin Katsina (rey) Muhammadu Korau (1398-1408 d. C.), el primer regente musulmán de Katsina.[2]​[3]​ Otras fuentes datan la estructura de los siglos XVI al XVIII, con una importante reconstrucción a principios del siglo XX.

Construida originalmente como la mezquita central de la ciudad de Katsina, más tarde se utilizó también como escuela. A principios del siglo XVI, Katsina se había convertido en un centro comercial y académico muy importante, y la mezquita de Gobarau se había convertido en una famosa institución de educación islámica superior.[4]​ Continuó siendo la mezquita central de Katsina hasta principios del siglo XIX d. C. cuando Sarkin Katsina Ummarun Dallaji (1805-1835) construyó una nueva mezquita, posteriormente demolida por Muhammadu Dikko (1906-1944), quien construyó el famoso Masallacin Dutsi, aún en uso.

La mezquita y su torre fueron renovadas por Sarkin Katsina Muhammadu Kabir Usman (1981-2008).[5]​