Alejandría de Margiana estaba situada en las proximidades de Merv. La ciudad, fundada por Alejandro Magno en 328 a. C., fue destruida por los nómadas y reconstruida por Antíoco I Sóter, rey de Siria, poco después del año 293 a. C. Recibió entonces el nombre de Antioquía de Margiana (griego antiguo: Αντιόχεια η Μαργιανή).

Antíoco, quien en 293 a. C., se había casado con Estratonice, la hija de Demetrio Poliorcetes, fue enviado como corregente a las satrapías superiores, donde reafirmó el poder seléucida, sobre todo gracias a fundaciones y refundaciones de ciudades, como el mencionado caso de Antioquía.

Han existido unas cuantas ciudades en este lugar, dados su posición y valor estratégicos para el intercambio de culturas. Durante cinco siglos fue la segunda capital del Islam, únicamente superada por Bagdad.

Las excavaciones arqueológicas de la época soviética revelan que la ciudad podría haber sido fundada por el rey seléucida Antíoco I Sóter, entre los años 280 y 261 a. C., con el nombre de Margiana. Pero a un centenar de kilómetros de allí se han hallado restos muy anteriores, del siglo XV a. C.

Después de los seléucidas se establecieron en ella los partos, y tras estos los sasánidas, con los cuales fue un reino tolerante que permitió la convivencia entre budistas, zoroastrianos y cristianos nestorianos.

En el siglo VII, los árabes la colonizaron y la elevaron a un nivel de prosperidad desconocido hasta entonces: la ciudad ocupaba una superficie de 130 km², un 30% más que la actual Barcelona (2022).

Pero la decadencia llegó en el siglo XIII con la llegada de los mongoles. En enero de 1221, el hijo de Gengis Kan ordenó el asedio de Merv. Durante una semana preparó a sus tropas y el séptimo día, cuando tuvo las catapultas a punto, entró dentro del recinto amurallado. Medio millón de personas murieron y la mayoría de edificios fueron derruidos. En la ciudadela que domina las ruinas del yacimiento arqueológico aún pueden verse los impactos de los proyectiles de las catapultas mongolas.

La ciudad fue reconstruida por los timúridas, los safávidas y los turcomanos, pero Merv nunca más recuperaría la gloria perdida.