En el lugar denominado La Hoya existe un importante yacimiento arqueológico protohistórico. Se trata de un asentamiento o población prerromana de la cultura berona cuyo sustrato abarca un extenso período de más de mil años, aproximadamente desde el siglo XII a. C.hasta el siglo II a. C.[1]​ Los berones era un pueblo y cultura de origen celta que se extendía por la actual Rioja, la Rioja Alavesa y el Condado de Treviño. Existe otro yacimiento arqueológico importante de los berones en el término de Laguardia, denominado de Santa Engracia, que correspondería a otro asentamiento importante de este pueblo prerromano.

En el año 1164 la villa recibió sus fueros durante el reinado del rey navarro Sancho VI el Sabio. La demarcación inicial comprendía desde las Conchas de Haro hasta el Soto de Íñigo Galíndez, en el actual término de Viana. Fue la cabecera de la comunidad de Villa y Tierra hasta que se fueron creando nuevas villas en su entorno, desgajando el territorio en favor de San Vicente, Labraza y Viana. Aun así, en época medieval fue la principal plaza de la Sonsierra de Navarra.

A lo largo del siglo XV, la zona de la Sonsierra fue escenario de frecuentes enfrentamientos armados entre castellanos y navarros, siendo de especial importancia los de 1429, donde se movilizaron recursos de todo el Reino de Navarra para defenderse de la invasión castellana. Finalmente, en el año 1461 Laguardia y toda la actual Rioja Alavesa cayó bajo control castellano, tras invadir Enrique IV de Castilla estos territorios para ayudar al Príncipe de Viana en su lucha contra su padre, Juan II de Aragón, en la Guerra Civil de Navarra.